New Game
 เริ่มเกมใหม่หากมี Save จากภาค 2 จะได้ชุด Vector ของ Shion (ลดค่า Break ช่วยให้สู้ทนขึ้น)

บทที่ 1

Event
 ภาพดาวเคราะห์ที่ถูก Gnosis ทำลาย พร้อมกับเด็กชายที่ถูกส่งให้หลบหนีออกมา (Kevin)
 กลุ่มชายในชุดคลุม (Testament) กำลังรอคอยเหตุการณ์บางอย่างที่กำจะเกิดขึ้น
 Shion และ Miyuki ขับ E.S. พร้อมกับการคุ้มกันของ Doctus และ Canaan เพื่อไปขโมยข้อมูลลับใน Vector ในส่วน S-Line Division
 Shion แนะนำให้รู้จักกับ Database ที่ควรตรวจสอบอยู่เสมอ

Action
Vector S-Line Division
 ด้านหน้ามีจุด Save เข้าไปด้านในทำลายสิ่งกีดขวาง (กดปุ่มสี่เหลี่ยม) เลือกเป้าหมายโดยการกด L1, R1
 ช่วงที่ 2 ให้ทำลายวัตถุช่วงกลาง แล้วโจมตีแผ่นด้านบน และด้านล่าง จะเปิดประตูเข้าไปด้านในได้
 สำรวจที่ประตู Segment Address 8
 ก่อนเข้าไปด้านในสุด ให้ไปทางแยกด้านขวาก่อนเพื่อเก็บไอเท็ม เส้นทางจะย้อนกลับมาที่เดิม
 ด้านในให้จำสีที่พื้นตามลำดับ 4 สี แล้วโจมตีแผ่นสีที่หมุนอยู่ ตามลำดับสีที่จำมา จะสามารถผ่านไปได้ ลงลิฟต์ไปชั้นล่าง
 Sector 2 ชั้นนี้มีหุ่นรักษาการ สำรวจให้ทั่วไปยังชั้นต่อไป
 Sector 3 สำรวจที่แท่นควบคุมเพื่อเปิดทางเชื่อมต่อไปยังชั้นต่อไป
 Sector 4 ห้องเก็บ Server ในส่วนนี้หากใช้ Trap (R2+สี่เหลี่ยม) แล้วกด สี่เหลี่ยม เพื่อให้ระเบิดใส่ศัตรู จะช่วยให้จัดการกับศัตรูง่ายขึ้น
 Sector 5 มีจุด Save สำรวจที่แท่นควบคุมด้านซ้าย, ขวา, กลางบน และกลางล่างตามลำดับจะเชื่อมต่อ Server ได้
 Sector 6 กดสวิตช์ที่แผงควบคุม

Event
 Canaan ทำการสำรองข้อมูลจาก Server

Action
 จัดการกับ Sigr Drifa

Event
 หลังจากที่ Gnosis เข้ามาโจมตี ทุกคนได้หลบหนีออกจากที่เก็บ Server ของ Vector

Peadea Island Beach
Action
 สำรวจรอบๆ เกาะ โจมตีต้นมะพร้าวและเก็บลูกมะพร้าว
 ด้านขวามีถ้ำสำหรับชมวิว
 ด้านซ้ายที่พักเปิดเมล์คุยกับ Allen

Event
 Allen ชวน Shion กลับไปที่หน่วยพัฒนาหลังจากที่เธอลาออกมา 6 เดือนก่อน ขณะนี้โครงการของ KOS-MOS กำลังจะถูกปิดลง
 Kevin สร้าง KOS-MOS เพื่อช่วยเหลือผู้คนจาก Gnosis
 Wilhelm คุยกับ Red Testament เกี่ยวกับข้อมูลที่ Shion ได้ไป

End of Prologue
Event
 Helmer คุยกัย Juli เกี่ยวกับเหตุการณ์ที่ผ่านมา, Canaan รายงานข้อมูลที่ได้มาจาก Vector เกี่ยวกับวัตถุที่เรียกว่า Rennes-le-Chateau ที่มีความเกี่ยวข้องกับ Lost Jerusalem
 Jr. จะออกไปสำรวจวัตถุลึกลับพร้อมกับยาน Elsa
 Pellegri และ Margulis คุยกันเกี่ยวกับเป้าหมายที่จะกลับไปที่ Lost Jerusalem แต่ต้องทำตามคำสั่งของ Lord Heinlein เมื่อได้รับรายงานว่ามียานไปสำรวจที่ Rennes-le-Chateau เขาจึงออกเดินทางไปที่นั่นทันที
 Jr. และยาน Elsa เดินทางถึง Rennes-le-Chateau และถูกโจมตี

Action
 จัดการ E.S. ที่มาโจมตี

Event
 E.S. สีดำของ Margulis เข้ามาโจมตี

Action
 จัดการกับ E.S. ของ Margulis โจมตีไปเรื่อยๆ จนกว่าจะสามารถใช้ Anima ได้และเลือก Special Attack

Event
 เกิดสภาพวะแปรผันรอบๆ บริเวณ / ยาน Elsa เข้ามาช่วย Jin ทำให้ถูกโจมตีและตกลงสู่ Rennes-le-Chateau ส่วน Margulis ได้รับคำสั่งให้ถอยกลับ ยาน Elsa รอการช่วยเหลือจากยาน Durandal

บทที่ 2

 Shion ลาออกจาก Vector เธอเดินทางกลับไปเยี่ยม Allen ตามคำขอของเขา

Fifth Jerusalem
Action
 ที่สถานีอวกาศ คุยกับ lowa เธอบอกกับ Shion ว่า Allen รออยู่ที่ Mobius Hotel
 ลงลิฟต์ออกจากสถานีอวการศ ไปที่เมือง สำรวจรอบๆ บริเวณเมืองให้ทั่ว

Event
 Gaignun ถูกควบคุมจาก U-DO
 Citrine และ Dr.Yuriev Dmitri ดูผลการทดลองบางอย่างที่ยังไม่ประสบความสำเร็จ
 หัวหน้าหน่วย Vector คนใหม่ กำเนิดโครงการใหม่แทน KOS-MOS

Action
 จากหอคอยลงไปทางใต้เข้าไปในเมือง 1st Business District - South
 ด้านขวามีร้านขายไอเท็ม
 หน้า MOBIUS HOTEL มีวัตถุขวางทางอยู่ทำลายมันจะได้ Segment File เพิ่ม
 เข้าไปที่โรงแรม MOBIUS จะพบกับ Allen รออยู่ เขาจองห้องพักให้แล้วด้านบน
 ขึ้นลิฟต์ไปด้านบน

Event
 Allen คุยกับ Shion เกี่ยวกับการพัฒนาในส่วนที่ 1 และ 2
 Miyuki ต้องการให้ Allen เตรียมอาวุธใหม่ให้ KOS-MOS ในคืนนี้ เพื่อการทดลองในวันพรุ่งนี้ Shion จึงขอเยี่ยมชมการทดลองของ KOS-MOS ในวันพรุ่งนี้ด้วย

Action
 หลังจากการพักผ่อนสำรวจที่แผงควบคุม คุยกับ chaos เขาพูดถึงยาน Elsa และอยากจะพบกับ Shion ไปที่มุมกาแฟใกล้ๆ กับ Mobius Hotel
 ลงลิฟต์ไปด้านล่าง แวะไปที่สวนสาธารณะด้านซ้าย ทำลายที่กั้นน้ำ เข้าไปเก็บไอเท็มที่ทางระบายน้ำได้
 ไปที่ CAFE STREAM / Shion ทราบเรื่องที่ยาน Elsa หายไป หลังจากนั้นเธอจะหมดสติไป เนื่องจา ก U-DO
 ที่โรงแรมหลังจากที่ Shion ฟื้น Allen ติดต่อ Shion เพื่อให้ไปดูการทดลองของ KOS-MOS / ลงลิฟต์ไปด้านล่าง

Event
 Allen กังวลเกี่ยวกับ Dmitri การยกเลิกโครงการ KOS-MOS

Action
 ออกจากเขตเมืองไปที่ฉากแผนที่ ด้านตะวันออกไปที่ CAT Testing Ground / Togashi แจ้งว่าการทดลองกำลังจะเริ่มขึ้นแล้ว ลงบันไดไปด้านล่าง ขึ้นยานขนส่ง
 ออกจากยานขนส่ง ขึ้นไปด้านซ้าย เข้าประตู

Event
 การทดลอง T-elos และพบกับ Roth Mantel ผู้พัฒนา T-weapon
 Dmitri รับรู้ถึงคลื่นพลังบางอย่างที่ถูกส่งออกมา
 การทดลอง KOS-MOS ต่อสู้กับ Omega ช่วงท้ายคนขับ Omega ไม่สามารถควบคุมตนเองได้ Juli ยกเลิกการทดลอง
 Shion คุยกับ Roth เขามีใบหน้าคล้ายกับ Kevin

Action
 ขึ้นบันได้านขวาเข้าประตู เดินลงมาตามทางจะพบกับ Juli และ Abel เด็กที่อยุ่ในโครงการ Zohar
 Juli แนะนำให้ไปพบเพื่อนเก่า Vector ให้ไปที่ส่วนวิจัย เก็บ Decoder 04 ในกล่องด้านซ้ายก่อนออกจากห้อง
 เดินเข้าประตูด้านบนหลังจากออกจากห้อง เดินอ้อมไปด้านขวา เข้าประตู เดินลงมาตามทาง จะพบกับยานขนส่ง และจุด Save ขึ้นยานขนส่งหมายเลข 4
 ออกจากยานขนส่งเดินลงมาด้านล่างขวา เข้าประตู พบกับหุ่น VX-7000 เดินไปด้านขวาสุดถึงส่วน Special Weapons Development เข้าประตู ผ่านจุด Save ลงลิฟต์ไปด้านล่าง เดินลงมาตามทางเข้าประตูด้านซ้าย

Event
 พบกับ Togashi และลูกน้องเก่า Allen นัด Shion ในวันถัดไป
 Roth เข้ามาและบอกว่าโครงการ KOS-MOS ถูกยกเลิกและเปลี่ยนการพัฒนาเป็น T-elos ส่วน KOS-MOS จะถูกทำลาย

Action
 กลับไปที่โรงแรม Mobius ขึ้นลิฟต์ไปที่ห้องพัก

Event
 Shion นำผลการทดลอง T-weapon ให้ Doctus ดู Doctus พูดถึงรหัส Canaan
 Shion พบกับ Nephilim เธอบอกว่า Grimoire ต้องการพบเธอ มี KOS-MOS เท่านั้นที่รู้ว่าเธออยู่ที่ไหน และมีเพียง Shion เท่านั้นที่เข้าถึงจิตใจของ KOS-MOS ได้
 Nephilom คุยกับ chaos เกี่ยวกับ Shion
 Canaan แนะนำวิธีช่วยยาน Elsa โดยการใช้ปืนของ Omega แต่ Juli บอกว่าเป็นไปไม่ได้ที่ Dmitri จะยอมให้ใช้ Canaan แนะนำว่ายังมี อาวุธของ KOS-MOS ที่สามารถช่วยยาน Elsa ได้
 Heinlein สั่งให้ Margulis เลิกสนใจ Omega และหันมาสนใจ Zohar Project แทน
 Red Testament รายงาน Wilhelm ว่าทุกอย่างเป็นไปตามแผนที่วางไว้
 Allen หนักใจที่จะบอกเรื่อง KOS-MOS กับ Shion Juli ต้องการพบ Shion เกี่ยวกับเรื่องนี้ด้วย
 Doctos ไม่พบข้อมูลเกี่ยวกับการพัฒนาอาวุธชนิดใหม่ แต่มีบางอย่างที่ผิดปกติในการขนส่ง สิ่งของบางไม่มีการบันทึกข้อมูลไว้ อาจมีอาวุธบางอย่างที่ทาง Vector แอบนำเข้ามาใช้ หลังจากที่ Miyuki และ Allen ติดต่อเข้ามา Shion หมดสติไป
 หลังจากที่ Shion ฟื้น Allen บอกกับเธอว่า Juli ต้องการพบเธอที่ Durandal ในวันพรุ่งนี้ Shion จึงชวน Allen ออกไปทานอาหารเย็น แทนการนัดในวันพรุ่งนี้
 ลงลิฟต์ไปด้านล่าง Shion กับ Allen อยู่ที่สวนสาธารณะ
 Doctus แอบมาด้านหลังของ Canaan เธอต้องการทราบว่า Canaan ถูกสร้างมาเพื่อวัตถุประสงค์ใดกันแน่ และพูดถึงโปรแกรม Canaan หลังจากนั้นเธอมอบบางส่วนของโปรแกรม Canaan ให้กับเขา

Action
 หลังจากที่ Shion ตื่นขึ้นในตอนเช้า ไปที่ Orbital Elevator - Orbital Space Station พบกับทุกๆ คนที่ยาน Durandal

Event
 หลังจากที่พบกับ Juli Allen แจ้งข่าวการทำลาย KOS-MOS ให้กับ Shion ได้รับรู้
 Juli อธิบายวิธีการช่วยเหลือ Elsa โดยการเจาะผ่าน hypersphere มีเพียงอาวุธของ KOS-MOS เท่านั้นที่จะเจาะผ่าน hypersphere ได้
 KOS-MOS อยู่ในส่วนของ Zohar Project วิธีเดียวที่จะช่วย Elsa ได้ต้องขโมย KOS-MOS ออกมา
 หลังจากที่ Shion ตัดสินใจที่จะขโมย KOS-MOS เธอหมดสติไป
 Jin เข้าไปเยี่ยม Shion และไม่ขัดขวางงานของเธอ
 หลัง Juli บอก Shion ว่ามีบางสิ่งที่มีความสำคัญมากอยู่ที่ KOS-MOS
 chaos นัดพบที่โรงแรมหลังจากเตรียมตัวเสร็จ

Action
 ซื้ออุปกรณ์และเครื่องป้องกันให้พร้อม
 กลับไปที่ Mobius Hotel พบกับ Allen เขาบอกว่าไม่ไว้ใจ Miyuki และสอนการใช้คำสั่ง Skill Line เพื่อเพิ่ม Skill
 คุยกับ Allen แล้วกดปุ่มสี่เหลี่ยม ตอบ Yes จะเกิดเหตุการณ์ที่ทุกคนมารวมตัวกันเพื่อออกเดินทางไปยัง CAT โดยมี Miyuki เป็นคนนำทาง
 เดินลงบันไดจะพบกับแผ่นสีน้ำเงินสำหรับซื้อไอเท็ม และจุด Save ขึ้นยานขนส่งเข้าไปด้านใน
 ช่วงแรกนี้มีจุดเชื่อมเส้นทาง Segment Address 10
 ช่วงที่ 2 ขึ้นยานขนส่งหมายเลข 2
 ออกจากยานขนส่งเดินไปทางด้านขวาขึ้นไปตามทาง ไปเก็บไอเท็มทางเดินด้านซ้ายก่อน
 กลับออกมาทีทางเดินด้านขวาเข้าประตูด้านบน เดินอ้อมไปด้านขวาผ่านห้องทดลองเข้าประตูด้านขวาสุด
 เดินลงมาตามทางจะพบกับยานขนส่งหมายเลข 4, 5, 6 และจุด Save
 6 -> Special Weapon Development Division
 4 -> A.G.W.S Gate
 5 -> ทางเข้า Miyuki แนะนำทางทางลงลิฟต์แต่มันไม่ทำงาน ให้ลงลิฟต์ด้านซ้าย
 เดินไปตามทางเดินเข้าประตูด้านในสุด กดสวิตช์ที่แผงควบคุม เลื่อนทางเดินให้ตกลงมาด้านล่าง
 เดินกลับออกจากประตูลงลิฟต์ด้านขวา เดินลงบันไดด้านซ้ายแล้วสร้างทางเชื่อมต่อโดยโจมตีทางที่หมุน โจมตีตามลำดับ 3-4-1-2 นับจากซ้ายไปขวา ทางจะเชื่อมต่อกันไปด้านขวาได้
 เดินไปด้านขวาขึ้นลิฟต์ ออกจากลิฟต์เข้าประตูด้านบนเ สำรวจที่แท่นควบคุมเชื่อต่อเส้นทาง
 เดินกลับออกมาขึ้นบันไดด้านขวาเดินไปตามทางแล้วเข้าประตู
 เดินไปตามทางที่เชื่อมต่อไปด้านซ้าย เข้าประตูแล้วขึ้นลิฟต์
 เดินไปตามทางเข้าประตูขวา Gnosis จะทำลายที่กักขังออกไป จุด Save อยู่ข้างประตูด้านขวา
 เข้าประตูด้านขวาเดินไปตามทางขึ้นลิฟต์ไปด้านบน ช่วงนี้ต่อสู้กับหุ่นที่ขวางทาง
 เข้าประตูด้านในทำลายกล่องที่ปิด Segment Address 4 ออก
 ไปด้านขวา กดสวิตช์ที่แผงควบคุม / ลิฟต์จะทำงาน ลงลิฟต์ไปด้านล่างเก็บไอเท็มแล้วกลับที่เดิมเข้าประตูด้านขวา
 เดินไปตามทางด้านขวา ช่วงกลางกดสวิตช์เข้าไปเก็บไอเท็ม แล้วขึ้นบันไดด้านขวา
 เดินไปตามทางด้านขวา ขึ้นบันไดไปด้านบน เดินไปด้านซ้ายลงบันได กดสวิตช์ที่หน้าประตูแล้วเข้าประตู
 พบจุด Save ไปด้านบนลงลิฟต์ แต่ลิฟต์ไม่หยุด ชั้นล่างสุดจะพบกับ Omega และ Abel เขาจะนำทางพวกเราไป
 เดินตาม Abel ไปเรื่อยๆ จนถึงจุดทิ้งขยะ ทำลายสิ่งที่ขวางอยู่ให้หมดจะพบกับ KOS-MOS
 หลังจากที่ Shion เปิดระบบให้กับ KOS-MOS จะได้ KOS-MOS เข้ากลุ่ม
 สำรวจรอบๆ บริเวณจะพบกับลิฟต์ขึ้นด้านบน Shion จะหมดสติไปอีกครั้ง
 สำรวจที่แท่นควบคุมขึ้นลิฟต์ไปด้านบน พบจุด Save
 เดินไปตามทางจัดการกับหุ่นที่ตามมาและพบกับ Aludra Calf

Event
 หลังจากที่ทุกคนอยู่ในยาน Durandal, Roth และ Testament กำลังเฝ้ามองและติดตามกลุ่มของ Shion อยู่

บทที่ 3

Event
 KOS-MOS ใช้อาวุธทำลายม่านพลังทำให้ E.S. เข้าไปด้านในเพื่อช่วย Elsa ได้
 หลังจากที่ติดต่อกับลูกเรือใน Elsa ทุกคนปลอดภัย มีปัญหาบางอย่างเกี่ยวกับการขับเคลื่อนของ Elsa ต้องใช้ E.S. ออกไปสำรวจด้านนอกของยาน

Action
 ไปที่เพลท E.V.S. เลือกไปที่ Pedea Island เก็บชุดว่ายน้ำของ Shion ในกล่องที่บ้านพักของเธอ
 คุยกับ John Bunnie จะได้ E.S. Generator สวมให้หุ่นก่อนออกไปด้านนอก
 ไปที่ลิฟต์ Hanger Launch E.S.

Floating Landmass
 ไปตามเส้นทางทำลายหินที่ปิดปากถ้ำเข้าไปด้านใน
 ระหว่างทางจะพบกับ Geocrystal (ผลึก) ที่ไม่สามารถทำลายได้ด้วย E.S. แต่สามารถทำลายได้ด้วยการโจมตีให้ผลึกตกลงมาชนกันแล้วแตกเอง
 ถึงจุด Save จะพบผลึกที่ขวางทางอยู่ หาทางขึ้นไปชั้นบนสุดแล้วผลักผลึกด้านบนให้ตกลงมาทำลายผลึกที่ขวางทาง
 เมื่อทำลายผลึกที่ขวางทางแล้วลงมาด้านล่างไปทางด้านซ้ายจะพบกับ...

Event
 พบกับเพื่อนเก่า Virgil

Action
 ใช้พลัง Anima และ Special Attack โจมตี E.S.Naphtali

Event
 การปรากฎตัวของชายลึกลับทำให้พลังของ E.S. หมดลง

Ancient Temple
Action
 เข้าไปด้านในพบกับจุด Save และจุดซื้อไอเท็ม เข้าประตูขึ้นลิฟต์ไปชั้นบน
 จัดการ Gnosis ที่ขวางทาง ทำลายแท่งหินเก็บไอเท็มขึ้นลิฟต์ไปชั้นต่อไป
 สำรวจที่แท่นทำให้ทางเดินต่อกัน เก็บไอเท็มรอบๆ ให้หมด แล้วขึ้นลิฟต์ไปชั้นต่อไป
 ผ่านแต่ละชั้นไปเรื่อยๆ จนถึงชั้นบนสุดจะพบจุด Save และช่องทางเข้าด้านขวา าเข้าไปด้านใน
 ทำลายผนังที่ขวางทางเดินขึ้นบันไดไปด้านบน

Event
 ด้านบน Shion เคยเห็นสถานที่แห่งนี้ในความฝันและพบกับ Nephilim

Action
 สำรวจรอบๆ บริเวณ ทำลายแท่งหินจะพบทางลงไปเก็บไอเท็ม
 ทำลายก้อนหินที่เรียงกันอยู่ด้านหลัง และหินที่ปิดปากทางจะพบทางลงไปในถ้ำด้านล่าง

Event
 พบกับหลุมศพที่มีชื่อของ E.S. ของทุกๆ คน

Action
 ทำลายผนังด้านในสุด เข้าไปเก็บ Arcadian Resource ด้านในแล้วเดินกลับออกมา

Event
 พบกับ T-elos

Action
 ต่อสู้กับ T-elos จัดการเธอให้ได้

Event
 การต่อสู้ระหว่าง KOS-MOS และ T-elos ...

บทที่ 4

Event
 ความทรงจำในอดีตระหว่าง Kevin และ Shion

Forest
Action
 หลังจากที่ Shion ฟื้นไปด้านซ้าย จุด Save และจุดซื้อไอเท็ม
 ไปทางด้านขวาจะพบกับสมาชิกที่เหลือยกเว้น KOS-MOS
 เดินไปทางด้านขวาเรื่อยๆ จนถึงยอดเขา ทำลายผนังจะสามารถขึ้นไปด้านบนได้

Event
 พวกเขาพบว่ากำลังอยู่บนดาว Miltia เมื่อ 15 ปีก่อน (ภายในจิตของ KOS-MOS)

Action
 ไปทางด้านขวาบริเวณน้ำตก มีไอเท็มอยู่บนกิ่งไม้ เลือกทำลายกิ่งไม้ที่ขวางทางจะเก็บไอเท็มได้ หากทำลายผิดไอเท็มจะตกลงไปด้านล่าง
 ด้านขวามีจุด Save เดินลงไปเก็น EX Skill Key 1 ใต้น้ำตก
 เดินไปด้านขวาจะได้ยินเสียงปืน เดินไปเรื่อยๆ จะพบทหารถูกทหาร Realian ทำร้าย จัดการกับกลุ่มทหาร Realian

Event
 Virgil (ในอดีต) ได้รับบาดเจ็บ

Action
 เดินไปด้านขวาบริเวณข้างทางทำลายพุ่มไม้เข้าไปเรื่อยๆ จะเห็นรังนกโจมตีจะสามารถเก็บ Carnelian Egg ได้
 เดินไปเรื่อยๆ จะพบกับ Feb และโบสถ์

Event
 ด้านในจะพบกับ Shion ในวัยเด็กและชายหนุ่มคนหนึ่ง...
 Feb ยอมสละชิ้นส่วนของเธอเพื่อช่วยเหลือ Virgil
 หลังจากนั้น Shion (วัยเด็ก) จะแจ้งข่าวเกี่ยวกับยาน Elsa (ยานสีเขียว)

Action
 ออกจากโบสถ์ไปด้านซ้ายจะเข้าสู่ฉากแผนที่ เดินลงด้านล่างผ่าน Dabrye Mine

Event
 พบกับผู้เฒ่า / ลูกชายของเขาถูกทหาร U-TIC ฆ่าตาย เหลือแต่หลานสาว Mai ซึ่งอยู่ในถ้ำ
 Mai ใช้ Leupold (หุ่นใน XenoGear) ของพ่อปกป้องดินแดนแห่งนี้จากพวก U-TIC
 ผู้เฒ่า (Aizen Magus) ฝากพวกเราให้ไปบอก Mai ให้หยุดต่อสู้แล้วกลับมาหาเขา

Action
 Save เกมและซื้อไอเท็ม
 ทำลายหินที่ปิดปากถ้ำเข้าไปด้านใน
 ในถ้ำนี้มี Segment Address No.1 ซ่อนอยู่ที่ผนังถ้ำด้านซ้าย
 เข้าไปด้านในจะพบจุด Save และจุดโหนลวดสลิงไปอีกด้าน
 เมื่อเดินพ้นจากถ้ำจะพบกับ Mai เธอเข้าใจผิดคิดว่าพวกเราเป็นพวก U-TIC
 ต่อสู้กับ Mai และ Leupold

Event
 หลังจากเอาชนะ Mai ได้เธอจะยอมให้ Shion ผ่านไปในถ้ำได้

Timestone Cave
Action
 เข้าไปในถ้ำจะพบกับยาน Elsa เข้าไปในยานจะพบกับทุกๆ คน

บทที่ 5

Event
 Durandal พยายามหาร่องรอยของ Elsa แต่ไม่พบ
 Juli แจ้งข่าวความเคลื่อนไหวของสหพันธ์ ที่พร้อมโจมตี Ormus Organization ที่ดาว Mictham โดยใช้ Merkabah โดยมี Dmitri อยู่เบื้องหลัง Dmitri มีเหตุผลที่จะไปที่ Michtam และต้องการทำลาย Ormus
 Juli เอ่ยถึงวัตถุลึกลับชื่อ Zarathustra ที่ Dmitri มีข้อมูลจาก Y-Data Juli บอกให้ใช้ E.S. และ Emulator หยุด Dmitri และให้ขอความช่วยเหลือจาก Helmer
 Shion ฝันถึงชายที่ช่วยเหลือ Virgil และ Febronia ที่ยอมสละชิ้นส่วนให้กับ Virgil หลังจากที่เธอตื่น คุยกับ MOMO เธอบอกว่าทุกคนอยู่ที่ห้อง gunroom

Action
 ออกประตูด้านล่าง แล้วไปที่ Main Elevator ด้านขวา ลงไปชั้น B1

Event
 Professor แจ้งว่าหลอดพลังงานของ Anima หายไป (Vessels of Anima) ไม่มีพลังงานใดในปัจจุบันที่สามารถนำพวกเขากลับไปสู่เวลาที่ถูกต้องได้
 Shion คุยกับ Allen เกี่ยวกับ Miltia ที่เธออยู่คือ Miltia เมื่อ 15 ปีก่อนใช่หรือไม่ Shion อยากจะเปลี่ยนแปลงอดีตที่โหดร้ายแต่ Allen ได้ห้ามไว้ Shion เหนื่อยมาก และต้องการพักผ่อนในเมือง Allen ไม่อยากให้เธอไปในเมืองเนื่องจากมีกองกำลังของ Feduration ถูกส่งเข้ามา แต่ไม่สามารถห้าม Shion ได้ จึงต้องตามเธอไป

Action
 ออกจากยาน Elsa เมื่อออกจากถ้ำใช้ทางเดินด้านหน้าถ้ำเข้าไปในเมือง บนฉากแผนที่ขึ้นไปทางตะวันตกเฉียงเหนือ

Event
 ยานขนส่ง U-TIC ถูก Federation โจมตี / Shion พบกับพ่อของเธอ Suou Uzuki เขาเข้ามาตรวจ Realian ที่ถูกทำลาย
 Shion คัดลอก ID และเปลี่ยนชุดจาก Realian ที่ถูกโจมตี เธอต้องการไปที่ Labyrinthos เพื่อสืบว่าพ่อของเธอเกี่ยวข้องกับ U-TIC อย่างไร

Action
 เดินทางไปทางทิศเหนือตรงจุดลูกศรสีแดง

Event
 Realian ของ Federation ไม่สามารถเข้ามาโจมตีบริเวณเขตเมืองได้เนื่องจาก U-TIC สามารถใช้ Song of Nephilim ทำให้ Realian ไร้การควบคุม และที่สำคัญมีผู้คนและ Zohar อยู่ที่นี่

Action
Urban District
 เดินสำรวจรอบๆ เมืองให้ทั่วพร้อมกับเก็บไอเท็ม ไปด้านซ้ายเรื่อยๆ จะออกมาที่ฉากแผนที่
 เข้าไปในอาคารที่สูงที่สุด (Special Research Facility)

Event
ANT Facility
 ทหารตรวจสอบ ID Shion ผ่านเข้าไปในตัวอาคารได้ Professor Mizrahi กำลังรอผลการทดลองอยู่ที่ชั้น 4
 ตอนเด็ก Shion คิดว่าที่นี่เป็นโรงพยาบาล แต่จริงๆ แล้วที่นี่เป็นสถานที่ทดลองบางอย่าง ด้านหน้าเป็นทางเข้า Labyrinthos มีทหารเฝ้าอยู่ ID ที่มีไม่สามารถผ่านเข้าไปได้

Action
 Save เกม ลิฟต์ไปยังชั้น 4 อยู่ทางเดินด้านขวาสุด เลือกไปชั้น 4
 เดินไปตามทางเข้าห้องแรกจะพบแผงควบคุมกดสำรวจ จะได้รหัสผ่าน The business district gate entrance (5150) และ Key Item
 เดินเข้าประตูที่ 2 ด้านขวา

Event
 พบกับ Joachim Mizrahi เขาจะสั่งให้อัพโหลดข้อมูลการทดลองเข้าระบบ ซึ่งเป็นรายชื่อคนไข้ในโรงพยาบาลที่สามารถเชื่อมต่อกับหลอดพลังงาน Anima ได้ (Vessels of Anima) การทดลองควบคุมความหวาดกลัว และทดลองการเชื่อมต่อกับ Zohar หลอดพลัง Anima เกิดจากการเชื่อมโยงระหว่างมนุษย์ และ Zohar แต่ทำไมข้อมูลเหล่านี้จึงถูกส่งต่อให้กับ Realian และมีชื่อแม่ของ Shion อยู่ในกลุ่มทดลองด้วย
 Joachim สั่งให้ไปพบกับ Kevin Winnicot เขาต้องการทราบข้อมูลของ Febronia

Action
 กลับไปที่ห้องด้านซ้าย

Event
 Allen และ Shion ไม่เคยล่วงรู้มาก่อนว่า Kevin เคยทำงานให้กับ U-TIC
 หลังจากที่ Kevin เข้าไปเตรียมข้อมูล Allen และ Shion พบข้อมูลต้นแบบของ KOS-MOS เธอสำรองข้อมูลเก็บไว้ทันทีเพื่อให้ KOS-MOS ตื่นขึ้นอีกครั้ง โดยให้ Allen ถ่วงเวลา Kevin ไว้ก่อน
 Shion ต้องการพบพ่อของเธอ ขึ้นไปที่ชั้น 5 เดินขึ้นไปด้านบนสำรวจที่ประตูทางเข้า จะเข้าไม่ได้ Shion บอกว่าเธอนำข้อมูลการทดลองมาส่ง ทหารที่เฝ้าด้านหน้าจะให้ผ่านเข้าไปได้ Shion เห็นภาพการเชื่อมต่อหลอดพลัง Anima และ Zohar จากกล้องในห้องทดลองชั้นใต้ดิน

Action
 เดินเข้าประตูที่เปิดออก สำรวจห้องทุกห้องที่เดินผ่าน ห้องสุดท้ายจะเป็นห้องของ Suou พ่อของ Shion

Event
 Shion พบแม่ของเธออยู่ในการทดลอง และไม่พอใจที่พ่อของเธอใช้คนในครอบครัวเป็นหนูทดลอง
 หลังจากที่ Shion วัยเด็กเดินเข้ามา Shion อาสานำเธอกลับบ้าน Shion (วัยเด็ก) ต้องการกลับไปเยี่ยมทหารที่โบสถ์ และต้องการนำดอกไม้ไปให้เขา

Action
 ลงลิฟต์ไปที่ชั้น 1 ไปที่ประตูทางออก

Event
 พบกับสวนดอกไม้ของ Shion และเหตุการณ์ของ Kevin

Action
 เดินตาม Shion ไปเรื่อยๆ

Event
 Virgil อาการดีขึ้นเรื่อยๆ Shion นำดอกไม้มาให้ Virgil เขาเกลียด Realian ของ U-TIC, Feb และ Shion สวดอ้อนวอนให้น้องสาวของ Feb Cecily, Cathe, แม่ของเธอ และ Virgil
 Margulis คุยกับ Sellers Winnicot เป็นคนวางแผนให้ Mizrahi เป็นแพะรับบาป และหาก Federation เข้ามาโจมตีเขาจะปล่อยบทเพลง Song of Nephilim

Event
 Shion ถามถึง KOS-MOS / Allen แจ้งข่าวร้าย KOS-MOS เสียหายไม่สามารถซ่อมแซมได้ มีเพียง Kevin (คนออกแบบ) เท่านั้นที่จะช่วย KOS-MOS ได้

บทที่ 6

Event
 Feb ดูแล Virgil
 Kevin และ Shion วัยเด็กที่สวนดอกไม้ เธอปลูกดอกไม้ให้แม่ของเธอ
 Professor ดูข้อมูลของ KOS-MOS เขาไม่แน่ใจว่าจะทำสำเร็จหรือไม่ Scott บอกว่าช่วงที่รอให้ไปเล่นเกมใหม่ที่ห้องนั่งเล่น Allen และ Scott จะเป็นผู้ช่วยของ Professor

Action
 ลงบันไดไปชั้นล่างสำรวจรอบๆ ที่จอด E.S. จะพบ Segment Address 14
 ขึ้นไปชั้นบน เข้าประตูด้านในบริเวณห้องด้านขวาจาก Bunnie สำรวจรอบๆ มี Segment Address 9 ด้านในมี Ether Skill : Erde Kaiser ให้เก็บ
 ขึ้นลิฟต์ที่ Main Elevator ไปชั้น 1F แล้ว Save เกม
 ไปที่ห้องอาหารของยาน Elsa (ด้านซ้ายสุด) สำรวจที่ตู้เกม HaKox กด Start แล้วออกจากเกมจะเกิดเหตุการณ์

Event
 ทุกๆ คนเป็นห่วง Shion เธอกังวลเกี่ยวกับ KOS-MOS
 Shion ขอตัวไปพักผ่อนที่ห้องของเธอ
 ทางด้าน Professor ยังไม่สามารถทำให้ KOS-MOS ตื่นขึ้นมาได้เนื่องจากยังขาดความรักและกำลังใจ Professor บอกให้ Allen ไปตาม Shion มา
 ในระหว่างที่ Allen ตาม Shion เกิดเสียงระเบิดที่ห้องทดลอง Black Testament (Voyager) ยกแคปซูล KOS-MOS ออกจาก ห้องทดลอง...

Action
 ต่อสู้กับ Voyager ช่วงท้ายต้องโจมตีด้วย Ether

Event
 เสร็จสิ้นภาระกิจของ Voyager แล้ว
 ในความฝัน Shion คุยกับ Joachim ที่ชายหาดและพบกับ.....KOS-MOS
 Shion คุยกับ Jin โดยที่ Allen แอบฟังอยู่ด้านหลัง U-TIC มีหลอดพลัง Anima พวกเขาต้องการปลุก Zohar / Shion ต้องการเปลี่ยนแปลงอดีต
 Professor บอกว่าหากมีหลอดพลัง Anima จะสามารถกลับไปสู่เวลาปัจจุบันได้ หลอดพลัง Anima เก็บอยู่ใน Labyrinthos / Shion มี ID สามารถเข้าไปด้านในได้

Action
 ขึ้นไปชั้น 1F ซื้อไอเท็มและชุดป้องกัน เตรียมตัวก่อนไป Labyrinthos
 ออกจากยาน Elsa เข้าไปที่ตึกทดลองของ U-TIC

Event
 ทีทหารเฝ้าอยู่ด้านหน้าเข้าไม่ได้

Action
 จัดการทหารที่เฝ้าอยู่ด้านหน้า ไปที่ Central Elevator 1 ลงลิฟต์ไปด้านล่าง
 ไปด้านซ้ายเก็บไอเท็มก่อน ประตูตรงกลางไม่มีอะไร ไปด้านขวา จัดการทหารยาม เดินไปตามทางเรื่อยๆ เดินผ่านประตูใหญ่ไปก่อน สุดทางจะพบ Segment address 15 กลับไปเข้าประตูใหญ่ที่เดินผ่านมา
 บริเวณประตูไฟสีแดงทำลายสิ่งกีดขวางด้านขวา เดินไปบนทางเล็กๆ ด้านขวา ทำลายประตูเข้าไปด้านใน
 เดินลงมาตามทางทำลายประตูด้านขวา เข้าไปในห้องเข้าประตูด้านบน

Event
 Shion พบ Area 13 (Acute Neurosis Treatment Facility) เส้นทางนี้ไปยังห้องของแม่ Shion

Action
 เข้าประตูสีฟ้า เดินไปตามทาง จนสุดเส้นทางเดินเข้าประตูกระจกด้านซ้าย
 เดินไปด้านซ้าย KOS-MOS จะบอกข้อมูลว่าลิฟต์ด้านหน้าลงไปยัง Labyrinthos
 จุด Save และจุดซื้อไอเท็ม ให้ เดินเข้าประตูด้านซ้ายก่อน
 เข้าไปด้านในเก็บไอเท็ม และเข้าไปให้ถึงด้านในสุดของโซนนี้จะพบกับ Container Receiving System ทำลายตามลำดับดังนี้ [ แถวที่ , คอลัมน์ที่ ] [ 1 , 4 ] , [ 3 , 4 ] , [ 3 , 1 ] , [ 5 , 1 ] , [ 5 , 3 ] , [ 5 , 5 ] หลังจากนั้นถังแก๊สจะไปอยู่ด้านหน้าประตูทั้ง 2 ด้าน ทำลายถัง เข้าไปเก็บไอเท็มด้านซ้ายก่อน หลังจากนั้นเข้าประตูขวา
 เดินไปตามทาง

Event
 Sellers คุยกับ Joachim Mizrahi เกี่ยวกับการทดลอง MOMO วิ่งเข้าไปหาพ่อของเธอ
 Joachim อธิบายถึงการทดลองของเขาซึ่งเกี่ยวข้องกับ U.M.N., Zohar และ U-DO เพื่อสร้าง Realian ทดแทนลูกสาวของเขา Sakura เขาพยายามหยุดบางสิ่ง และเดินจากไป Joachim สร้าง MOMO ให้เป็นลูกสาวคนที่ 2 และพยายามจะรักษาโลกนี้ไว้

Action
 ออกจากประตูเข้าประตูด้านขวา เดินไปตามทาง ขึ้นบันได

Event
 มีเสียงจากด้านบน Kevin และพ่อของ Shion กลุ่มของ Shion เข้าไปในห้องลับด้านขวา Kevin และพ่อของ Shion เกี่ยวข้องกับ U-TIC ด้านล่างของรายชื่อแม่ของเธอมีชื่อ Shion อยู่ในกลุ่มทดลองด้วย ดูเหมือนกับ Jin จะรู้ความลับบางอย่างแต่ไม่บอกเธอ
 พบกับกลุ่มตัวอย่าง Combat Realians ที่ใช้ในช่วงสงครามบนดาว Miltia พวกมันฆ่าแม่ของเธอ Shion คิดว่า Kevin เป็นคนฆ่าแม่ของเธอ
 Jin บอกให้ Shion สงบสติไว้และจะทำลายที่นี่ แต่เธอบอกว่าหลอดพลัง Anima สำคัญกว่า

Action
 เก็บ Security Level B Card บนแผงควบคุม เข้าประตูด้านซ้าย ไปด้านซ้ายเข้าประตูกระจกจะกลับมาที่ลิฟต์จุด Save และจุดซื้อไอเท็ม
 สำรวจที่แท่นลงลิฟต์ไปด้านล่างเข้าประตูใหญ่ จนถึงห้องขนาดใหญ่ขึ้นรถขนส่ง Labyrinthos Linear Train
 ลงจากรถขึ้นบันไดเข้าประตูใหญ่ด้านล่าง เก็บไอเท็มรอบๆ ลงลิฟต์ Central Elevator 3 ด้านล่าง
 เข้าประตูขวาลงไปตามทางเดินเล็กๆ เข้าประตูซ้ายเดินไปบนตะแกรงด้านบน กดสวิตช์ที่ผนังด้านซ้าย เปิดประตูเข้าไปด้านในเดินไปตามทางเรื่อยๆ

Event
 Shion พบพ่อของเธอและ Margulis โครงการนี้อยู่ในการดูแลของ Lord Heinlein นอกเหนือจาก Loar Sergius ที่สนใจ Proto Omega
 Federation กำลังจะเริ่มโจมตี ระบบทุกอย่างเตรียมพร้อม Kevin รายงานว่าโครงการอยู่ในช่วงสุดท้ายแล้ว Dr.Sellers กำลังเพิ่มประจุให้ระบบส่วน Kevin ดูแลหลอดพลัง Anima วัตถุที่มีพลังดุจพระเจ้าได้หายไปจาก Lost Jerusalem และกระจัดกระจายในอวกาศ หน้าที่ของ Margulis คือ นำมันกลับมาสู่ดินแดนต้นกำเนิด นั่นเป็นเหตุผลที่ต้องสร้าง Zohar และ Vessels of Anima ให้มาอยู่รวมกัน
 Margulis บอก Uzuki ที่โครงการล่าช้าอาจเป็นเพราะมันยากเกินกว่าความสามารถของ Mizrahi ก็ได้ Suou แจ้งว่าเนื่องจาก Febronia เป็นเป็นตัวอย่างเดียวที่เหลืออยู่ทำให้ต้องระมัดระวังเป็นพิเศษ Kevin แจ้งว่าสามารถสร้างตัวอย่างใหม่จาก Febronia ได้ Margulis ถามถึงเหตุผลว่าทำไมสนใจ Realian ทำไมไม่ใช้กลุ่มคนไข้มาทดลอง Kevin บอกว่าเนื่องจากความกลัวของมนุษย์ แต่ Realian ไม่มีความหวาดกลัว ไม่เหมือนกับมนุษย์ มนุษย์กลัวความตาย Realian ติดต่อกันโดยใช้จิตที่ไม่มีการหลุดออกจากกัน แม้ว่าร่างกายของ Realian จะหายไป แต่ยังสามารถเชื่อมต่อในระดับจิตได้ นั่นเป็นสิ่งที่แตกต่างจากมนุษย์
 Suou บอกว่าในการควบคุม Zohar จะต้องใช้ Lemegeton มนุษย์ และหลอดพลัง Anima ผ่าน U.M.N. แต่ผลที่ได้โดยตรง คือ U-DO และมันปลุกความหวาดกลัวของมนุษย์ ทำให้มนุษย์ปฏิเสธกันและกัน ถ้าหากมี Lemegeton ตัวจริงผลที่ได้จะแตกต่างออกไป แต่สิ่งที่ทำอยู่ปัจจุบันเป็นแบบจำลองทำให้ได้ข้อมูลที่ไม่สมบูรณ์ เนื่องจากตัวอย่างที่ใช้ทดลองมีไม่เพียงพอทำให้สิ่งที่มีอยู่เกิดความเสียหาย เนื่องจากจิตของ Realian ไม่สามารถทนต่อการทดลองได้ ทำให้เกิดกำแพงขวางกั้นความกลัวของมนุษย์จาก U-DO
 ขณะนี้หน่วยลับ Vector ยังคงดำเนินการอยู่ แต่หาก Lord Sergius รู้เขาคงไม่พอใจ Margulis บอกว่าเขาไม่มีวันรู้แน่ / Shion ไม่เชื่อว่าพ่อของเธอเป็นคนทรยศกับทุกๆ คน

Action
 เดินไปตามทางด้านบน และไปทางขวาจะพบจุด Save ขึ้นลิฟต์ด้านขวา

Event
 หลังจากที่ Professor เปิดกล่องบรรจุดหลอดพลัง Anima พวกเขาพบกับ E.S. ที่พัฒนาโดย Vector ทำไมพวกมันจึงมาอยู่ที่นี่ได้
 มีกล่องที่ว่างเปล่าที่เป็นของ Asher / Professor จะใช้ Erde แทน Asher หลังจากที่สัญญาณเตือนดังขึ้นพวกเขาขึ้น E.S. และขับมันออกไป
 ดูเหมือนกับว่า E.S. ที่ได้รับหลอดพลัง Anima ใหม่จะยังไม่สามารถทำงานร่วมกันได้ ทำให้การบังคับ E.S. ยากขึ้น chaos สงสัยว่า Wilhelm มีจุดประสงค์อะไรในการใช้หลอดพลังงานชนิดนี้

Action
 บังคับ E.S. ขึ้นลิฟต์ไปด้านบน

Event
 ทหาร U-TIC พบว่าหลอดพลัง Anima ถูกขโมย และรายงานให้กับ Pellegri ทราบ เธอสงสัยว่าเป็นทหาร Federation หรือไม่ Pellegri สงสัยว่าทำไมผู้บุกรุกถึงมี E.S. ที่สมบูรณ์แบบและสามารถใช้หลอดพลัง Anima ได้ Pellegri สั่งเตรียมระบบป้องกัน และจับตัวผู้บุกรุกให้ได้

Action
 บังคับ E.S. ไปตามเส้นทาง (ไม่ต้องลงจากหุ่น) เปิดประตูใหญ่ด้านซ้าย จัดการกับศัตรูที่ขวางทาง ไปยังประตูใหญ่อีกด้านให้ได้ (มี 2 ช่วง)
 ช่วงถัดไปทำลายกล่องขนาดใหญ่ให้หมด บริเวณนี้มีจุด Save และจุดซื้อไอเท็มสำหรับหุ่นด้วย ขึ้นเนินไปด้านบน
 ทำลายประตู 3 จุด ผ่านเส้นทางนี้ไปด้านบนโดยการทำลายประตูที่ขวางแต่ละช่วง ไปด้านบน

Event
 Aoi Uzuki แม่ของ Shion หนีออกจากโรงพยาบาล Shion ออกจาก E.S. ไปช่วยแม่ของเธอ

Action
 มีหุ่นลึกลับเข้ามาขวาง / ต่อสู้กับ Omega Universitas

Event
 หลังจากที่ชนะ Omega Universitas แล้วทุกคนพยายามกลับเข้าไปช่วย Shion แต่ทนแรงต้านของกองทัพหุ่นที่ติดตามมาไม่ไหว จึงถอนตัวกลับยาน Elsa
 ส่วน Shion ระหว่างทางเธอได้พบกับ Red Testament คนที่เธอคุ้นเคย... ก่อนที่จะถูกทหาร U-TIC จับตัวไป

บทที่ 7

 Shion ถูกควบคุมตัวโดย Margulis เธอไม่ยอมตอบคำถามใดๆ Margulis ให้ตามตัว Uzuki และ Kevin เข้ามาร่วมสอบถาม Margulis ต้องการตรวจสอบว่า Shion เป็นใคร และอาจจะรู้ความลับภายใน อาจจะทำให้แผนการในอนาคตไม่สำเร็จ
 Uzuki ถาม Kevin ถึงการใช้ Realian 27-Series Asura ในการทดลองเนื่องจากยังไม่เสถียร อาจจะอยู่นอกเหนือการควบคุมได้ เขาบอกว่าความสามารถในการต่อสู้อยู่ในระดับที่ต้องการแล้ว เขาต้องการเพียงเท่านี้ Uzuki บาอกว่าบ้าไปแล้วพวกนั้นแยกไม่ออกเลยว่าใครเป็นมิตรหรือศัตรูอาจจะเกิดการทำลายล้างครั้งใหญ่ Kevin บอกว่าเมื่อ Song of Nephilim เริ่มบรรเลง ทุกสิ่งจะสลายไปจากพลังของ Zohar / Kevin จะใช้ Song of Nephilim ที่เกิดจากการแปรผันของ Lemegeton / Uzuki อยากให้ Kevin ทบทวนใหม่ทั้งการใช้ 27-Series และ Song of Nephilim / Kevin ไม่มีทางเลือกอื่นที่จะทำให้ Zohar ทำงาน กองทัพ Federation กำลังจะบุกถึงที่แล้ว หากไม่ใช้ระบบนี้ความพยายามทั้งหมดก็จะเปล่าประโยชน์ ไม่ใช่สิ่งนี้หรือที่ทำให้ Uzuki ทรยศ Federation การที่เขาทำการทดลองกับภรรยาตามคำสั่งเพื่อรักษาชีวิตลูกสาว จะรอช้าอยู่ใย Uzuki บอกว่า Kevin ไม่มีวันเข้าใจเขา เขาไม่มีทางเลือก / Kevin กล่าวว่าการบูชายัญ Miltia ไม่สามารถหลีกเลี่ยงได้ หลังจากนั้นพวกเขาเข้าไปในห้องสอบสวน Shion
 Uzuki ถาม Shion ว่ารู้เรื่องหลอด Anima ได้อย่างไร / Shion บอก Kevin ว่าเธอรู้ว่า Ormus มีความเกี่ยวข้องกับโครงการ Zohar / Margulis แปลกใจกับคำว่า Ormus ที่ Shion พูดออกมา เขาจะยังไม่ทำร้ายเธอในตอนนี้
 Febronia มีข่าวมาแจ้งทุกคน
 Allen ถาม Jin ว่าทำไมถึงไม่ไปช่วย Shion เขาบอกว่าคงไม่ปล่อยให้ทุกคนตกอยู่ในอันตรายอันเกิดจากความเห็นแก่ตัวของ Shion การเข้าไปช่วย Shion ตอนนี้ยังทำไม่ได้เพราะระบบรักษาความปลอดภัยที่สูงขึ้นอาจะเกิดความผิดพลาดได้
 Jin เล่าว่าระหว่างที่เกิด Gnosis ปรากฎตัว Shion เรียนรู้ว่าพ่อได้ทรยศต่อ Federation และเข้าร่วมกับ U-TIC เพื่อ Lemegeton เขากังวล แต่ความจริงกำลังรอ Shion อยู่ สิ่งที่เกิดกับ Shion เธอมีอาการเหมือนกับแม่ของเธอ
 Febronia แจ้งข่าว Shion เธอเป็นนักโทษอยู่ใน Labyrinthos / Jr. อยากเข้าไปช่วย Shion / Jin บอกว่าเหมือนอย่างที่ Jr. และ chaos รู้ บางสิ่งบางอย่างกำลังจะเกิดขึ้นกับดาวดวงนี้ U-TIC กำลังก่อสงครามเต็มรูปแบบกับ Federation / chaos บอกว่าควรจะปล่อยให้ทุกอย่างดำเนินต่อไป และช่วย Shion ออกมา Jin ขอความช่วยเหลือจาก Allen
 เป้าหมายต่อไปช่วย Shion ออกมาก่อนที่แผนการทำลายล้างจะเริ่ม ไปที่ Labyinthos ก่อน

 ออกจากยาน Elas ไปที่ A District - East Entrance
 ด้านซ้ายบริเวณพุ่มไม้ใกล้ๆ กับทหารยืน มีทางสำหรับเข้าไปเล่นกับน้ำพุได้ (Miltia Water works Management Office)
 ด้านซ้ายซื้อ Ice Cream เก็บไว้ให้มากที่สุด กดสวิตช์ด้านข้างของร้าน 2 ครั้งเขาจะบอกทางลับไปที่โบสถ์ได้
 เดินไปตามเส้นทางสู่ตึก U-TIC จะพบกับเหตุการณ์กองทัพ Federation เริ่มโจมตี Miltia

Event
 Jin เมื่อ 15 ปีก่อนเตรียมพร้อมกับหุ่นรบของเขา
 สวนดอกไม้ของ Shion ถูกทำลาย
 Margulis เตรียมการทดลอง และหลบเข้าที่หลบภัย Febronia อยู่ด้านนอก
 Proto Omega ถูกส่งออกไปต่อต้าน Federation พร้อมกับกองกำลัง 27-Series, Suou Uzuki บอกว่า 27-Series ยังไม่พร้อมใช้งานขอให้ไตร่ตรองดูก่อน Margulis อ้างว่า Kevin เป็นคนออกแบบ และบอกว่าพร้อมใช้งานแล้ว Sellers เตรียมพร้อมสำหรับ Song of Nephilim / Uzuki แจ้งว่า Mizrahi ได้ยกเลิกการใช้งาน Lemegeton translation ไปแล้ว Song of Nephilim อาจจะไม่สมบูรณ์ ดาวดวงนี้อาจจะถูกทำลายได้ พวกเขากำลังทำลายดาวดวงนี้
 chaos มาถึงหน้าตึก U-TIC ทุกอย่างเกิดขึ้นเร็วมากกลุ่มของ URTV และกองกำลัง Federation จะเข้ามาที่ Labyrinthos ในไม่กี่ชั่วโมงนี้
 Shion ถูกขังอยู่ใน Labyinthos ในส่วนของ Test Subject Transport Area หลังประตูหมายเลข 13

Action
 จัดการกับทหาร U-TIC ที่เข้ามาขวางทาง
 ลงลิฟต์โดยใช้เส้นทางเดิมที่เคยเข้าไปขโมยหลอด Anima จนถึงประตู AREA 13 เข้าไปด้านใน
 ในห้องด้านบน 27-series Asuras ได้ออกปฏิบัติการแล้ว เข้าประตูด้านขวาล่าง
 เดินไปตามทางทำลายวัตถุที่บัง Segment Address 5
 เข้าประตูด้านซ้ายจะพบจุด Save ด้านซ้ายเป็น Staff Room ยังไม่มีกุญแจ
 เดินกลับออกลงบันไดเลื่อนไปด้านล่าง เลี้ยวซ้ายไปสุดทางทำลายกล่องที่บังประตูเข้าไปเก็บไอเท็มได้
 เดินกลับเส้นทางเดิมลงมาด้านล่าง เข้าประตู
 ในห้องนี้มีห้องเล็กๆ 4 ห้องจัดการทหาร มี Decoder 13 และไอเท็มอื่นๆ
 เก็บไอเท็มแล้วขึ้นบันไดด้านขวาสุดของห้อง แล้วเข้าประตู Shion ถูกขังอยู่อีกด้านเข้าประตูด้านล่าง

Event
 Shion พบกับ Suou เขามาบอกกับ Shion ว่า Federation ส่งกองกำลังลงมาแล้ว เขามาปล่อย Shion ให้หนีออกไป Shion ไม่เชื่อคำพูดของคนที่ทำร้ายภรรยาของตนเอง Suou บอกว่าสิ่งที่รับฟังมาอาจจะไม่เป็นอย่างที่คิด เขาทำแบบนั้นจริง แต่อยากให้เชื่อว่าสิ่งที่เขาทำเป็นการปกป้องครอบครัวของเขา Suou ต้องการให้เธอช่วย Shion ที่โบสถ์บริเวณชานเมือง ส่วนเขาต้องดูแลภรรยาที่อยู่ที่โรงพยาบาล

Action
 เดินลงมาด้านล่างไปทางซ้าย อ้อมขึ้นไปด้านบน จัดการทหารที่เฝ้าอยู่รอบๆ ให้หมด เดินอ้อมเข้าประตูด้านขวา

Event
 Pellegri พบว่า Uzuki กำลังปล่อยตัว Shion และพบว่าเขาเป็นสายลับของ Federation
 Jin เข้ามาในห้องควบคุมพบกับ Pellegri

Action
 ต่อสู้กับ Pellegri และทหารทั้งสอง
 หลังจากชนะ Pellegri แล้วจะอยู่ด้านหน้าตึก เป้าหมายต่อไป ช่วย Shion ที่โบสถ์ก่อนที่ Song of Nephilim ทำงาน (กลับเข้าไปในตึก U-TIC เพื่อ Save เกม)
 ย้อนกลับไปยังโบสถ์ เมืองถูกทำลาย ระหว่างนั้นบทเพลงแห่งการทำลายล้างได้เริ่มแสดงตนแล้ว
 ระหว่างทางกลับ ใกล้จุด Save แวะซื้ออุปกรณ์และชุดป้องกันใหม่ได้ ทางออกเดิมถูกปิด เดินอ้อมไปอีกด้านหลังบ่อน้ำพุจะออกไปที่โบสถ์ได้
 เตรียมสวมอุปกรณ์ที่ทนต่อการโจมตีด้วยน้ำแข็งและสวมการโจมตีด้วยไฟไว้ให้พร้อม (สำหรับ Boss ถัดไป)

Event
 Febronia ดูแล Virgil
 Virgil ช่วยเหลือ Shion จาก Combat Realian ส่วน Febronia...
 Virgil ให้ Card สำหรับเข้าไปใน Labyrinthos กับ Shion เพื่อให้เธอหนีไปหาพ่อของเธอ

Action
 ไปที่โบสถ์ จัดการกับ Combat Realian

Event
 Vergil แจ้งข่าวเกี่ยวกับ Shion / Shion มอบเครื่องมือจุดระเบิด Combat Realian ให้กับ Virgil (ภาคแรก Virgil ใช้มันทำลาย Realian ต่อหน้า Shion) หลังจากนั้น...

 Virgil (Testament) ปรากฎตัวที่หลังคาโบสถ์ และเล่าเรื่องราวที่ผ่านมา เขาพยายามทำให้ Shion สับสน Jin โจมตี Vrigil

Action
 ต่อสู้กับ Virgil

Event
 Febronia ได้เข้ามาห้าม Virgil (Luis)...
 Jin บอกให้ Shion ให้รีบไปช่วย Shion (วัยเด็ก)

Action
 เดินลงมาหน้าโบสถ์

Event
 พบ Shion

Action
 จัดการกับ Combat Realian

Event
 Shion บอกว่าแม่ของเธออยู่ที่โรงพยาบาล

Action
 เดินไปตามทางเดินจัดการกับทหารที่ขวางทาง ช่วงกลางด้านซ้ายกดสวิตช์ ย้อนกลับมาทำลายกล่องบนสายพานเก็บไอเท็ม เดินเข้าประตูด้านบน
 เส้นทางจะคล้ายเดิม กดสวิตช์ด้านขวาแล้วเก็บไอเท็มด้านบน จัดการศัตรูที่ขวางทางเข้าประตูด้านบน
 ถึงบริเวณถนนไปด้านขวา จนสุดทางขึ้นสะพานที่ขาด ไปด้านบนมี 2 ทางแยก ไปด้านซ้ายสุดก่อนเก็บไอเท็มบนพื้น แล้วไปด้านขวาสุดทาง จะถึงตึกของ U-TIC
 เข้าไปด้านในตึก (Save) ไปด้านขวาเก็บไอเท็มที่ลิฟต์ แล้วย้อนกลับมาทำลายประตูหนีไฟขึ้นบันไดไปด้านบน ทำลายท่อน้ำดับไฟที่บันได ชั้น 2 มี Segment Address 7 สำรวจทุกชั้นและทุกห้องเก็บไอเท็ม หลังจากนั้นไปที่ชั้น 4 ไปห้องด้านซ้าย

Event
 Joachim คุยกับ Sellers กับสิ่งที่เขาได้ทำลงไป
 พ่อของ Shion ช่วยเหลือเธอไว้...

Action
 ขึ้นไปที่ชั้น 5 มีจุด Save เข้าไปด้านในกดสวิตช์ที่แท่นควบคุมเพื่อเปิดประตู สำรวจทุกประตูที่ผ่าน แล้วเข้าประตูด้านในสุด

Event
 Shion อยู่ในห้องด้านใน Realian 27-Series Asura ทำร้ายพ่อและแม่ของ Shion

Action
 ต่อสู้กับ Realian 27-Series Asura 3 ร่าง

Event
 พลังของ Zohar และจุดเริ่มต้นของ Gnosis...
 Jin บอกว่าสิ่งที่เห็นไม่ใช่สิ่งที่เกิดเมื่อ 15 ปีก่อน chaos บอกว่านั่นเป็นเหตุผลที่พวกเขานำ Shion กลับมาที่นี่ สิ่งที่เกิดมาจากจิตใต้สำนักของ Shion
 Shion ได้พบกับคนที่เธออยากพบมากที่สุด Red Testament เขาอยู่ในร่างของ Testament เนื่องจากต้องการพลัง และทำทุกอย่างเพื่อ Shion Kevin บอกว่า Shion มีอาการป่วยเหมือนแม่ของเธอ เธอมีความสามารถที่คนอื่นไม่มี แต่เป็นความสามารถที่ทำให้ชีวิตของเธอสั้นลง นั่นเป็นเหตุผลที่ทำให้เธอปวดศรีษะบ่อย จากการทดลองผู้มีอาการแบบนี้จะติดต่อกับ U-DO ได้ แต่นั่นจะนำมาซึ่งความตาย คนที่จะช่วย Shion ได้มีเพียง Kevin และ T-elos
 KOS-MOS เป็นเพียงหุ่นต้นแบบสำหรับเก็บข้อมูลให้กับ T-elos และคอยติดตาม Shion พลังงานของ KOS-MOS มาจาก U-DO โดยใช้ Zohar เป็นทางผ่าน ทุกครั้งที่ KOS-MOS ใช้พลัง / Shion จะมีแรงกระตุ้นจาก U-DO และสูญเสียพลังงาน หาก Shion และ KOS-MOS อยู่ใกล้กัน Shion จะอยู่ในภาวะอันตราย KOS-MOS ถูกส่งมาเพื่อทำร้าย Shion จริงหรือ ?
 Kevin บอกให้ Shion กลับมาหาเขา แต่ Jin ไม่เชื่อที่ Kevin พูด หลังจากนั้น KOS-MOS ได้พา Shion หนีไปที่ยาน Elsa โดยขัดคำสั่ง Kevin ผู้ออกแบบ KOS-MOS...
 Mizrahi ต้องการหยุดปรากฎการณ์ประหลาดนี้ และทำให้ Zohar ไร้การควบคุม เขาต้องการรักษาจักรวาลนี้ไว้ แม้ว่าดาวดวงจะถูกทำลายก็ตาม
 ในระหว่างที่ดาวทั้งดวงกำลังจะระเบิด Shion (เด็ก) ได้รับการช่วยเหลือจากชายลึกลับ... และ Elsa กลับมารับทุกๆ คนออกไป
 Wilhelm กล่าวว่าการตื่นขึ้นครั้งแรกราบรื่นดี เหลือเพียงหลอดพลัง Anima ที่เป็นส่วนหนึ่งของพระเจ้าเท่านั้น