Shion กำลังทำการทดสอบขั้นสุดท้ายบน KOS-MOS บนเรือWoglindeเมื่อทีมงานเรียกค้น Zohar Emulator ซึ่งเป็นหนึ่งในสิบสามแบบจำลองของ Zohar Cherenkov เฝ้าติดตามความคืบหน้าของ Shion แต่ยังเป็นสายลับของ U-TIC เพื่อเพิ่มเป้าหมายในการค้นหา Zohar ดั้งเดิม หลังจากการดึงข้อมูลของ Zohar Emulator Woglindeถูกโจมตีโดย Gnosis KOS-MOS เปิดใช้งานตัวเองและปกป้องทีมของชิออนในกระบวนการฆ่าเวอร์จิลด้วยไฟมิตรเพื่อช่วยชิออนและอัลเลน KOS-MOS นำพวกเขาและ Cherenkov ขึ้นเรือElsaซึ่งกำลังมุ่งหน้าไปยังจุดหมายปลายทางที่สองมิลเทีย เมื่อ Gnosis โจมตีความโกลาหลในการปัดเป่าช่วยชีวิต Cherenkov การโจมตีเริ่มกลายพันธุ์ Cherenkov ทรมานเขาด้วยภาพอดีตของเขาในฐานะทหารที่ล้มเหลวในการปรับตัวให้เข้ากับชีวิตพลเรือนและคร่าชีวิตผู้คนจำนวนมากรวมถึงภรรยาของเขาด้วย ในช่วงเวลาเหล่านี้ชิออนเริ่มกังวลเกี่ยวกับพฤติกรรมของ KOS-MOS และอัลเลนกังวลเกี่ยวกับสภาพอารมณ์ของชิออน นอกเหนือจากเหตุการณ์เหล่านี้หุ่นยนต์ Ziggy ยังถูกส่งไปเพื่อช่วยเหลือ Realian MOMO จาก U-TIC เนื่องจากข้อมูลที่เก็บไว้ในตัวเธอสามารถเปิดทางไปสู่ดาวมิลเทียดั้งเดิมซึ่งสูญหายไปจากหายนะที่โจอาคิมมิซราฮีผู้สร้างของเธอถูกตำหนิ Ziggy ช่วย MOMO และหลบหนีได้อย่างหวุดหวิดป้องกันการโจมตีของ Margulis Albedo ซึ่งทำงานกับ U-TIC เพื่อเป้าหมายของตัวเองได้ออกเดินทางตามหา MOMO