บทสรุป (แบบย่อ)
 ตามกลุ่ม Rubedo ไปที่ประตูด้านขวาบริเวณสวนสาธารณะ Albedo แสดงพลังพิเศษเขาสามารถสร้างอวัยวะใหม่ได้
 ไปบริเวณสวนสาธารณะด้านใน Albedo เสียใจที่ทุกคนไม่เข้าใจเขา เขาไม่มีวันตายและกลัวว่าทุกคนจะจากเขาไป
 กลับไปที่สถาบันวิจัยประตูกลาง กลุ่มของ Rubedo เข้าไปในจิตใต้สำนึกของ Sakura ช่วงฤดูหนาว เข้าไปด้านในสุดจะพบกับ Albedo (B-C-C-B) โจมตีแขนจนกว่าแขนที่ป้องกันจะหายไปแล้วโจมตีที่โซนจุดอ่อน
 ในระหว่างที่ Jr. ปะทะกับ Albedo Momo ได้ฟื้นขึ้นมาห้าม Jr. ที่กำลังโกรธ ทำให้ Y Data รั่วไหลออกมา Albedo ได้ข้อมูลสำคัญไปแล้ว

เปลี่ยน Disc 2
 หลังจากการรั่วไหลของ Y Data ประตูสู่ Old Miltia ได้เปิดออก Albedo หายไปในอวกาศ เพื่อรอการกำเนิดของโลกใหม่ กองกำลังฝ่ายต่างๆ มุ่งหน้าไปยัง Old Miltia, Shion ถูกส่งกลับมาที่หน่วยพัฒนาที่ 1 ของ Vector ซึ่งเป็นเขตที่มีการรักษาความปลอดภัยสูงสุด
 ออกจากห้องไปทางขวาสุด เข้าห้องด้านในคุยกับ Allen เขาจะบอกให้ Shion กลับไปพักผ่อนที่ห้อง กลับไปที่ห้องของ Shion ที่เตียงเลือกคำสั่ง Rest
 Shion ฝันถึง Febronia เธอบอกให้ช่วยน้องสาวของเธอ
 หลังจากที่ Shion ตื่น ให้กลับไปที่ห้องที่เคยพบกับ Allen เพื่อส่งข้อมูล ขณะที่เธอกำลังส่งข้อมูล Naphilim เข้ามาบอกเธอว่าให้ไปช่วย Febronia ที่ Old Miltia
 ลงลิฟต์ด้านซ้ายสุดจากห้องของ Shion จะพบกับ Allen เขาบอกว่าเส้นทางออกถูกปิดหมดแล้ว
 เดินไปตามทางจัดการกับหุ่นที่ขวางทาง จนถึงห้องขนาดใหญ่ที่มีจุด Save ทำลายวัตถุต่างๆ บริเวณนี้เก็บไอเท็มแล้ว เดินลงด้านล่างทางซ้าย ทำลายกล่องขนาดใหญ่ที่ ขวางบันไดอยู่ออก แล้วปีนบันไดขึ้นไปด้านบน
 ด้านบนทางซ้ายเป็นแป้นควบคุม ให้เลือกคำสั่งแรก ปืนใหญ่จะยิงรถที่จอดขวางหน้าประตู
 เดินกลับลงบันไดไปชั้นล่าง เข้าประตูที่เคยมีรถจอดขวางอยู่ (ประตูที่ 2 ด้านซ้ายนับจากจุด Save)
 เมื่อเข้าประตูแล้วให้ทำลายกล่องที่อยู่กลางห้อง ทางเดินด้านบนจะตกลงมา เดินขึ้นด้านบน เข้าประตูขวาบน
 ในห้องนี้เป็นห้องที่มีกล่องซ้อนกัน ลงบันไดไปด้านล่าง ทำลายกล่องที่ซ้อนกัน แล้วขึ้นบันได กลับมาทำลายกล่องด้านบน หลังจากนั้น เดินบนกล่องเข้าประตูด้านล่างซ้าย จำนวนกล่องที่ต้องทำลายดูที่รูปด้านล่าง

 เดินตามทางเดินลงมาด้านล่างแล้วเข้าประตู ไปด้านขวาที่แผงควบคุม พบกับยานอวกาศจอดอยู่อีกด้าน เข้าประตูใกล้ๆ แผงควบคุม
 ในห้องนี้นเป็นห้องส่งของไปยังส่วนต่างๆ ให้ลงไปยังหมายเลข 04 (ด้านซ้ายแยกที่ 3) ที่ห้องหมายเลข 4 ลงบันไดไปด้านล่าง
 เดินไปตามทางขึ้นบันไดไปชั้นบน ทำลายกล่องที่ขวางทางเป็นระยะ จะผ่านห้องกระจกที่มองเห็นยาน ไปด้านขวา ลงบันไดแล้วเข้าประตู
 ห้องนี้เป็นห้องที่มีกระจกขนาดใหญวางอยู่บนกล่อง ให้ทำลายกล่อง 3 กล่อง มุมบนด้านซ้ายที่รองแผ่นกจะจก แล้วขึ้นไปเหยียบมุมบนด้านซ้าย ของแผ่นกระจก ด้านที่เหยียบจะเลื่อนต่ำลง หลังจากนั้นเดินไปที่มุมล่างด้านขวา จะสามารถเข้าประตูที่อยู่บนชั้นลอยได้
 ในห้องนี้มีจุด Save และพัดลมขนาดใหญ่ ให้เดินอยู่ช่วงกลางหลบลมแล้วกดสวิตช์ที่ด้านขวาเพื่อปิดพัดลม หลังจากนั้นขึ้นบันไดไปด้านบน กดใช้ลิฟต์ แท่นที่เราเหยี่ยบจะเลื่อนขึ้นด้านบน
 เมื่อถึงด้านบนสัญญาณเตือนภัยจะดังขึ้น จัดการกับหุ่นที่เข้ามาขวาง แล้วเข้าประตูด้านบน
 Shion และ Allen ขับยานออกไปโดยอยู่ในสายตาของ Wilhelm และชายชุดคลุมสีแดง
 ในระหว่างการเดินทางยานของ Shion ถูกโจมตี KOS-MOS ได้ยินเสียงรองของ Shion จึงออกไปช่วยเหลือ... หลังจากที่ศัตรูถูกกำจัดไปหมดแล้ว ยาน Elsa จะออกมารับ Shion

Elsa
 บนยาน Elsa หลังจากคุยกับทุกคนเสร็จแล้ว ให้คุยกับ Matthews แล้วเลือกข้อ 2
 ในระหว่างการเดินทางไป Old Miltia กองกำลัง U-TIC ได้เข้ามาขวางพร้อมกับยานรบขนาดยักษ์ (Ormus Stronghold)
 หลังจากที่ยาน Elsa ถูกยิงตกลงบนยานรบขนาดยักษ์ ออกจากหอบังคับการ แล้วเข้าลิฟต์ด้านซ้าย (Launch) ขับหุ่นรบ E.S. ออกไปด้านนอก

Ormus Stronghold
 บังคับ E.S. ไปตามทาง จัดการกับหุ่นศัตรูไปเรื่อยๆ จนถึงทางแยกที่ 2 ให้ไปเส้นทางด้านบน
 ไปด้านซ้ายจะพบบริเวณที่มีสวิตช์มีหมายเลข 1-4 แต่ละหมายเลขมีสวิตช์ 2 ตัว ให้โจมตีตามลำดับดังนี้ หมายเลข 1 สวิตช์ขวา 2 ครั้ง, หมายเลข 2 สวิตช์ขวา 1 ครั้ง, หมายเลข 3 สวิตช์ซ้าย 2 ครั้ง และหมายเลข 4 สวิตช์ซ้าย 3 ครั้ง ซ้ายขวาให้อ้างอิงจากการหันหน้าของหุ่นเป็นหลัก หลังจากโจมตีแล้วให้สังเกตจุดสีแดงจะหันลงด้านล่าง หากทำถูกต้องลิฟต์จะเปิดออก
 ลงลิฟต์ไปด้านล่าง เข้าประตูด้านซ้าย จะพบกับจุดที่จะต้องลงจากหุ่น หลังจากลงจากหุ่นแล้ว ด้านซ้ายเป็นจุด Save เข้าประตูด้านซ้าย
 ด้านบนสำรวจที่สวิตช์สีแดง ตอบ Yes ไฟสีแดงจะดับลง กลับไปที่หุ่น ขึ้นไปด้านบน กลับทางเดิมไปที่ทางแยกเดิม ใช้เส้นทางด้านล่างแล้วไปด้านซ้าย ทำลายทางเข้าแล้วเข้าไปด้านใน
 บริเวณนี้จะเป็นเส้นทาง เชื่อมต่อกัน 4 ช่วง ทำลายผนังที่กั้นออกแล้วหาทางไปยังประตูด้านซ้ายบนให้ได้
 หลังจากเข้าประตูจะพบกับจุด Save ขึ้นลิฟต์ข้างจุด Save (ทำลายตู้ด้านหน้าระหว่างขึ้นลิฟต์ด้วย) เข้าประตูไปด้านในจะพบกับ Scutum และ Pilum จัดการให้ได้
 หลังจากจัดการกับ Scutum และ Pilum ได้แล้วให้กดสวิตช์ด้านบน เส้นทางชั้นบนจะเชื่อมต่อกัน ย้อนกลับทางเดิมไปยังลิฟต์ที่ลงไปด้านล่าง บริเวณที่สามารถลงจากหุ่น E.S. ได้
 เข้าประตู เดินผ่านสวิตช์ที่เคยกด ไปด้านซ้าย บริเวณนี้จะต้องไม่มีอะไรกั้นเนื่องจากทำลายมันไปแล้ว เข้าประตูด้านซ้าย ขึ้นบันไดไปชั้นบน เดินไปทางซ้ายสุด แล้วเดินขึ้นทางเลื่อนไปด้านบน หลังจากนั้นไปด้านขวา จะพบบันได ขึ้นด้านบน พบจุด Save เข้าประตูข้างจุด Save
 เดินข้ามทางเชื่อมไปด้านขวา แล้วเข้าประตู เดินไปตามทางเดินลงไปด้านล่าง จัดการศัตรูระหว่างทางไปเรื่อยๆ เข้าประตูด้านล่างสุด
 ในส่วนนี้เป็นการถ่วงน้ำหนักลิฟต์ด้วยบล็อก การถ่วงให้ยืนด้านขวาของบล็อกแล้วโจมตี, การทำลายให้ยืนด้านล่างของบล็อกแล้วโจตี ให้โจมตีโดยเริ่มจาก ถ่วง สลับ กับทำลายไปเรื่อยๆ จนหมด แล้วลงบันไดไปด้านล่างทำลายบล็อกที่ลิฟต์ 1 บล็อก ลิฟต์จะเลื่อนขึ้น เข้าประตูด้านซ้าย
 โจมตีบล็อกตามลำดับดังนี้ (แถว) นับช่องในตารางจากบนลงล่าง, (คอลัมน์) นับจากซ้ายไปขวา รูปแบบ [ แถว , คอลัมน์ , ทิศทาง ] , [ 2 , 4 , บน ] ,[ 3 , 6 , บนแล้วซ้าย ] , [ 3 , 9 , บนแล้วซ้าย ] , [ 1 , 5 , บน ] , [ 1 , 4 , ขวาแล้วบน ] , [ 3 , 2 , บน ขวา แล้ว บน ] ที่เหลืออีก 2 บล็อกด้านล่าง บน ขวา แล้ว บน เมื่อบล็อกเชื่อมต่อกันแล้วเดินไปด้านบน เข้าประตูด้านขวา จะพบจุด Save เดินไปด้านขวา
 ใช้จุดวาร์ปตามลำดับดังนี้ [ เหลือง ] , [ ฟ้า ] , [ เหลือง ] , [ เหลือง ] , [ เหลือง ] , [ เหลือง ] , [ ฟ้า ] , [ เหลือง ] และวิ่งไปตรงกลาง [ เขียว ] จะลงสู่ด้านล่างสุด พบจุด Save
 ไปด้านขวาจุดวาร์ปสีฟ้า ไปด้านบนเข้าช่องตรงมุมด้านล่าง เข้าไปด้านในพบกับ Orgulla หลังจากคุยกับเธอต้องต่อสู้กับเธอ
 หลังจากเอาชนะ Orgulla ได้แล้ว ให้ทำลายเสาต้นใดก็ได้แกนกลางจะตกลงมาด้านล่าง ออกจากห้องลับแล้วไปด้านซ้ายจุดวาร์ปสีเหลืองลงมาชั้นล่าง เดินเข้าทางเดินตรงกลางเข้าไปด้านในของแกนที่ตกลงมา
 บริเวณนี้ต้องเชื่อมต่อวงจรไฟฟ้าให้ถูกต้อง โจมตีตามรูปด้านล่าง 3 จุด แล้วไปที่แป้นควบคุมด้านล่างเลือกคำสั่งที่ 2 มีเวลา 30 นาทีในการหลบหนีออกจากที่นี่ไปที่ยาน Elsa ให้ทันเวลา

 ขึ้นจุดวาร์ปสีเขียวก่อน แล้ววาร์ปตามลำดับดังนี้ [ ฟ้า ] , [ ฟ้า ] , [ เหลือง ] , [ ฟ้า ] , [ ฟ้า ] , [ เหลือง ] , [ ฟ้า ] กลับตามเส้นทางเดิมหลังจากขึ้นหุ่น E.S. แล้วจะพบกับ Issachar ชนะเธอให้ได้แล้วเธอจะหนีไป
 บนยาน Elsa ยานมีปัญหา... แต่ Durandal ได้เข้ามาช่วยไว้ทันเวลา
 ภาพของ Nigredo ในอดีตกับรหัส Red Dragon
 พวก U-TIC ได้ Zohar ไปแล้ว อยู่ที่ดาว Old Miltia
 บังคับ Shion ลงลิฟต์ เข้ายานขนส่งเลือกไปที่ Dock Area หลังจากออกจากยานขนส่ง เดินตรงไปด้านขวาสุดเข้ายาน Elsa
 ไปที่หอควบคุม คุยกับ Matthews เลือกไปที่ Old Miltia
 การฟื้นคืนชีพของผู้ให้กำเนิด Gaignun ในร่างของเขา กำลังวางแผนการบางอย่าง
 หลังจากที่ยานจอด ไปด้านซ้ายลงลิฟต์ Launch E.S. ออกตามหา Zohar
 จากจุดจอดยานเดินไปตามทางจะพบกับ Segment Address No.10 ด้านขวาไปเรื่อยๆ พบ Segment Address No.18
 เดินไปตามทางเรื่อยๆ จะพบจุด Save จุดที่ 2 ทำลายคานคอนกรีต จะสามารถเดินลุยน้ำไปอีกด้านได้
 เดินไปตามทางเรื่อยๆ จะพบจุด Save จุดที่ 3 บริเวณที่มีน้ำไหลลงมาขวางทาง ให้ไปทางด้านซ้าย โจมตีถังน้ำ 2 ลูกให้ตกลงไปด้านล่างแล้วเดินย้อนกลับลงมา ทำลายถังน้ำที่ตกลงมาให้ระเบิด ผนังอีกด้านจะแตกออก ทำให้น้ำไหลออกไปอีกด้าน
 เดินกลับไปยังบริเวณที่เคยมีน้ำไหลขวางทางอยู่ ผ่านจุด Save ไปอีกด้านจะพบกับ Naglfar Cannons จัดการมันแล้วไปด้านขวา
 หลังจากนั้นจะพบกับทางเข้าหอคอย Labyrinthos ทำลายสิ่งกีดขวางแล้วลงจากหุ่น
 ปีนบันไดลงไปด้านล่าง หลังจาก Save เรียบร้อยแล้ว เปิดเส้นทางด้านซ้ายโดยเดินลงไปชั้นล่างขึ้นบันไดไปกดสวิตช์ด้านบน
 เมื่อประตูที่กั้นทางด้านล่างเปิดออกไปด้านซ้าย แล้วขึ้นบันได จะพบกับห้องควบคุมระดับน้ำ มีตัวเลข 2, 6 และ 5 ให้กดสวิตช์ 6 x 1 ครั้ง, สวิตช์ 5 x 1 ครั้ง, สวิตช์ 6 x 1 ครั้ง และ สวิตช์ 2 x 2 ครั้ง ระดับน้ำ 2 ข้างจะเท่ากัน
 เดินอ้อมลงมาด้านซ้าย ไปด้านบน แล้วขึ้นบันไดไปด้านขวา เดินไปตามทางขึ้นบันไดแล้วเข้าประตู
 ทุกๆ คนจพบกับห้อง Nanomachine U-DO เข้าประตูด้านบน เดินไปตามทางทำลายสิ่งกีดขวางไปเรื่อยๆ เข้าประตูชั้นล่าง
 ในห้องนี้มีจุด Save และรถไฟใต้ดินเข้าไปสู่แกนกลางของ Labyrinthos
 ออกจากรถไฟขึ้นบันไดไปด้านบนแล้วเข้าประตู ในห้องนี้มีลิฟต์อยู่ตรงกลาง ซึ่งยังใช้การไม่ได้ ให้ไปทางซ้ายล่าง
 ในห้องนี้จะมีสวิตช์อยู่ 4 จุด สำหรับเปิดทาง / เดินไปชั้นบนแล้วกดสวิตช์ตัวที่ 1 / เดินกลับมาชั้นล่างกดสวิตช์ตัวที่ 2 / ย้อนกลับไปชั้นบนกดสวิตช์ตัวที่ 1 / เดินข้ามทางที่เชื่อมกันแล้วกดสวิตช์ตัวที่ 3 / เดินไปทางซ้ายแล้วกดสวิตช์ตัวที่ 4 / เดินข้ามทางที่เชื่อมลงบันไดมาชั้นล่างแล้วไปทางขวาจะออกจากห้องนี้ได้
 ในห้องนี้จะมีกล่องวางซ้อนกันอยู่ให้โจมตีกล่องโดยยืนตามตารางแล้วโจมตีตามจุดต่อไปนี้ [ แถวที่ยืน , คอลัมน์ที่ยืน , ทิศทางที่โจมตี ] , [ 3 , 1 , บน ] , [ 1 , 2 , ล่าง ] , [ 5 , 1 , ล่าง ] , [ 5 , 2 , ล่าง ] , [ 4 , 4 , บน ] , [ 6 , 3 , บน ] หลังจากนั้นทางจะเชื่อมต่อกันทำให้สามารถเข้าประตูไปด้านบนขวาได้
 กดสวิตช์เปิดแผงกั้นด้านล่าง แล้วลงลิฟต์ เดินไปด้านขวาล่าง
 บริเวณนี้เป็นห้องที่มีผนังกระจกและกล่อง ให้หาประตูทางเข้าสู่ห้องที่มีเสาสีแดง 5 ต้น หมายเลขของเสา และตำแหน่ง 1=บนซ้าย, 2=บนขวา, 3=กลาง, 4=ล่างซ้าย, 5=ล่างขวา ลำดับการโจมตี [ เสา , จำนวนครั้ง ] [ 5 , 1 ] , [ 1 , 1 ] , [ 3 , 1 ] , [ 4 , 3 ] , [ 3 , 1 ] ลงบันไดแล้วเข้าประตูซ้ายบน
 กดสวิตช์เปิดแผงกั้นอีกครึ่งหนึ่งออก แล้วลงลิฟต์ไปด้านล่าง
 หลังจาก Save ลงลิฟต์ใหญ่ลงไปชั้นล่างสุด เข้าประตู จะเข้าสู่ห้องควบคุมหลัก ในส่วนนี้จะต้องปิดส่วน A และ B ตามลำดับดังนี้ / ขึ้นลิฟต์ด้านซ้ายไปด้านบน กดสวิตช์ที่แผงควบคุมด้านล่างยกแกนกลางขึ้น / ลงลิฟต์ไปชั้นล่าง ชั้นล่างส่วนกลางกดสวิตช์ Lock A / ขึ้นลิฟต์ด้านซ้ายไปด้านบน เดินข้ามไปด้านขวา แล้วกดสวิตช์ที่แผงควบคุมด้านขวา เลื่อนแกนลงด้านล่าง / ลงบันไดด้านขวาจะเข้าห้องส่วนกลางได้
 หลังจากที่ Canaan สำรองข้อมูล กดสวิตช์ที่ผนังด้านบน Lock B ออกจากห้องกลาง ลงลิฟต์ด้านขวา เข้าประตูด้านบน เข้าห้องถัดไป
 สำรวจที่ลิฟต์เข้าสู่ Zohar Isolation Area หลังจากที่ลิฟต์หยุด จะพบกับจุด Save เข้าสู่ส่วนกลางด้านบน จัดการกับศัตรูที่ขวางทางให้หมด
 ห้องด้านในปะทะกับ Marguris จัดการกับเขาด้วย Jin ให้ได้
 หลังจากที่ Marguris หนีไป เข้าสู่ห้องเก็บ Original Zohar จะได้พบความจริงเกี่ยวกับ Cecilia และ Catherine
 เมื่อพบกับ Patriarch ผู้อยู่เบื้องหลัง Ormus เปิดระบบ U-DO ทำให้ KOS-MOS มีความจำเป็นที่จะต้องทำลายระบบควบคุมทั้งหมด หลังจากที่ Feb บอกให้ปลดปล่อยน้องๆ ของเธอ KOS-MOS ได้ทำลายระบบควบคุม Cecilia และ Catherine
 เมื่อ Proto Omega รวมร่างกับ Original Zohar ได้สำเร็จดาวทั้งดวงได้ถูกทำลายไปพร้อมกับ Proto Omega ที่กางปีกขนาดใหญ่ลอยอยู่ในอวกาศ
 Dr. ในร่างของ Guinun ขัดขวางแผนการของ Pellegri
 ลงลิฟต์ไปชั้นล่างขึ้นยานขนส่งไปที่ Dock Area เดินไปด้านขวาขึ้นยาน Elsa ตอบตกลงเลือกไป Omega System
 ไปด้านซ้าย Launching E.S. ขับหุ่นออกไปด้านนอก

Omega System
 เดินไปตามทางทำลายสิ่งกีดขวาง ลงลิฟต์ไปชั้นล่างสุด เลือก Down ไปเรื่อยๆ ชั้นล่างสุดเดินไปด้านซ้ายลงจากหุ่น
 เดินเข้าประตู ในห้องทำลายสิ่งกีดขวางมุมบนด้านซ้าย ขึ้นบันไดไปด้านบน ระหว่างทางมีประตูสีเขียว 2 จุด สำหรับเข้าไปกดสวิตช์ที่แท่นควบคุมเพื่อเปิดประตูใหญ่ หลังจากกดสวิตช์ 2 จุดแล้วกลับไปที่หุ่น
 หลังจากขึ้นหุ่นแล้วจะสามารถเข้าประตูด้านบนได้ เดินไปด้านซ้ายทำลายสิ่งกีดขวางและศัตรูให้หมด เดินไปด้านซ้ายจนถึงแท่นยกขนาดใหญ่ ออกจากหุ่น
 หลังจากออกจากหุ่นแล้ว ให้เข้าประตูไปด้านในลงลิฟต์ เดินไปตามทางระหว่างทางจะพบแท่นควบคุม (เดินผ่านไปก่อน) เดินลงบันไดไปชั้นล่างสุดจะพบจุด Save เข้าประตูสีเขียวลงลิฟต์ไปด้านล่างสุด กดสวิตช์ A.M.W.S Elevator Power Switch
 ย้อนกลับขึ้นไปด้านบนสุดกดสวิตช์ควบคุมที่แท่นควบคุมด้านบนสุด แท่นที่วางหุ่นจะเลื่อนลง ในระหว่างนี้ให้รีบวิ่งลงไปกดสวิตช์ เพื่อเปิดทางให้กับหุ่นที่เลื่อนลงให้ทัน 2 จุด หากเปิดทางไม่ทันแท่นเลื่อนจะเลื่อนกลับที่เดิมด้านบน
 หลังจากที่แท่นเลื่อนลงมาด้านล่างสุด ให้ขึ้นหุ่นไปด้านหน้าเข้าประตูใหญ่ จัดการกับ Inversion แล้วเข้าประตูใหญ่
 ในห้องนี้ทำลายสิ่งกีดขวางด้านที่เป็นสีเขียวให้หมด จะเข้าประตูด้านซ้ายบนได้
 ในห้องนี้ให้ทำลายบล็อก ตามลำดับดังนี้ [ แนวนอนนับจากซ้ายไปขวา , แนวดิ่งนับจากล่างขึ้นบน ] [ 1 , 4 ] [ 5 , 6 ] [ 3 , 1 ] [ 1 , 1 ] [ 3 , 3 ] [ 2 , 3 ] [ 2 , 3 ] [ 6 , 3 ] [ 9 , 2 ] [ 7 , 3 ] [ 10 , 3 ] [ 9 , 3 ] หลังจากนั้นลงจากหุ่น ที่ด้านขวา แล้วเดินข้ามบล็อก เข้าประตูด้านซ้าย
 เดินไปตามทาง จัดการกับศัตรูไปเรื่อยๆ เข้าประตูแล้วลงบันไดกระจก ทำลายลูกแก้ว (จุด Save) ที่ลอยอยู่บริเวณลานรูปวงกลม แล้วขึ้นแท่นเลื่อนไปอีกด้าน
 พบกับ Cathedral หลังจากจัดการมันได้สำรวจที่แป้นควบคุม เพื่อเปิดประตูทางเข้า
 ต่อสู้กับ Patriarch หลังจากการต่อสู้ บุรุษลึกลับจะปรากฎตัวออกมาปลอดปล่อย Zohar และคืนร่างให้กับ Albedo ก่อนจากไป หลังจากการช่วยเหลือของ KOS-MOS, Ziggy และยาน Elza / Omega System ได้สลายไป
 หลังจากการพูดคุย นำ Jr. ขึ้นยานขนส่งไปที่ Park Area แล้วเดินขึ้นไปชั้นบนเข้าประตูซ้าย

Space Time Anomally
 เดินไปตามทางจะพบกับเหตุการณ์ต่างๆ ที่ผ่านมาของ Jr จนกว่าจะพบกับ Albedo ในการต่อสู้ Albedo จะเปลี่ยนโซนไปเรื่อยๆ ให้โจมตี โซนหาจุด Break ไปเรื่อยๆ เขาจะใช้ท่าที่ทำให้ Jr. มี HP เหลือ 1 (BC/ CB/ BB/ CC/ CCB)
 ดูฉากจบ Credit และ Save เกม

โหลด Save เกมจบเนื้อเรื่องพิเศษ Forbidden Device
 เมื่อโหลด Save เกมแล้วคุยกับ Professor เขาต้องการให้จัดการกับ Dark Professor ให้ออกตามหา Forbidden Devices คุยกับ Matthews เลือกไป Second Miltia
 เข้าใปในเขตเมืองโซนที่ 1 ขึ้นบันไดไปชั้นบนเข้าประตู ถัดจากโรงบัลเลย์ ด้านในคุยกับ Other Professor รับ Sequencer B เพื่อปลดล็อค Forbidden Device สีเหลืองจากเธอ
 ใช้ E.V.S. ไปที่ Ormus Stronghold เดินลงมาตามทาง ทางแยกแรกไปด้านขวาจะพบ Forbidden Device สีเหลือง เข้าไปด้านในเป็นด่านทะเลทรายสำรวจบริเวณทะเลทรายเก็บไอเท็ม ทำลายหน้าผาด้านบน เข้าไปในถ้ำ ด้านในสุดจะพบกับ Scarabeille หลังจากชนะ เก็บ Sequence C ในหีบ แล้วกลับไปที่ Ormus Stronghold เลือกคำสั่ง U.M.N. ในเมนูแล้ว Exit กลับไปที่เดิม
 ไปที่ยาน Elsa คุยกับกัปตันไปที่ The Foundation ให้ไปบริเวณเมือง Kukai Foundation คุยกับ Roy บริเวณลานชั้นบนที่มีน้ำพุตอบตกลงรับ GS Path 21 เขาจะบอกรหัส 8+5+7-17 (ต้องไปหา Roy ก่อนจึงจะผ่าน Forbidden Device สีแดงได้)
 ใช้ E.V.S. ไปที่ Subconscious Domain (Summer) Forbidden Device สีแดง เป็นเขตโรงงาน (Factory) สำรวจบริเวณโรงงานให้ทั่วจนกว่าจะพบกับ Dullea Soul หลังจากจัดการมันได้ไปด้านขวาสุดกดสวิตช์ให้ลิฟต์ด้านบนทำงาน หาห้องควบคุมของ Roy เลือก Challenge Mode โจมตีกล่องสี เหลือง, น้ำเงิน, ส้ม, เทา และแดงตามลำดับ จะสามารถเข้าไปเก็บ Pink Book และ Sequencer A ได้ กลับไปที่ Subconscious Domain (Summer) เลือกคำสั่ง U.M.N. แล้ว Exit
 ไปที่ Second Miltia เขตเมือง กลับไปยังห้องที่พบ Other Professor ชั้นล่างจะพบกับ Forbidden Device สีเขียวเข้าไปด้านในเข้าสู่ Heaven's Ruins ในบริเวณนี้ให้จัดการกับศัตรูส่วนกลาง ด้านขวา และซ้าย เพื่อให้ลูกแก้วสีปรากฎ และทำลายลูกแก้วตามลำดับสี คือ สีแดง, เหลือง และสีฟ้า จะทำให้ผนึกที่ประตูด้านบนคลายออก หลังจากเข้าประตูแล้วขึ้นไปที่หอคอย ระหว่างทางของหอคอยด้านขวา และด้านซ้าย จะมีทางเชื่อมข้ามไปจัดการกับศัตรูให้หมด แล้วขึ้นด้านบน ระหว่างทางจะพบ Segment Address No. 12 ซ่อนอยู่บริเวณผนัง ด้านบนสุดของหอคอย จัดการกับศัตรู แล้วขึ้นด้านบนจะพบกับ Nepos Rigas หลังจากนั้นเก็บ Decoder No.12 ย้อนกลับลงมาบริเวณที่พบ Segment Address No. 12 เข้าไปเก็บ Sequencer D แล้วกลับขึ้นไปด้านบน
 ใช้ E.V.S. ไปที่ Ormus Stronghold กลับไปที่ทะเลทรายอีกครั้ง เข้าไปด้านในสุด ใกล้ๆ กับ Forbidden Device สีเหลืองจะมีจุดลงจาก E.S. ทางด้านขวา เข้าไปด้านใน แล้วขึ้นบันไดจะพบกับ Forbidden Device สีน้ำเงิน เข้าไปด้านใน จะพบกับ Dark Professor ต่อสู้กับ Dark Erde Kaiser ให้ชนะจบเนื้อเรื่องพิเศษ