"นานมาแล้วเมื่อดวงจันทร์ทั้งสองส่องแสงมีสองทวีปในโลกซึ่งอาศัยอยู่แยกกัน แต่ อย่างสงบในภาคตะวันออกมีอารยธรรมขั้นสูงการพัฒนาของ เทคโนโลยี ได้นำความมั่งคั่งและความมั่งคั่งมาให้ที่นั่นทางตะวันตกผู้คนอาศัยอยู่อย่างกลมกลืนกับ โลกธรรมชาติ ซึ่งมีอยู่ร่วมกัน อย่างสงบสุขกับวิญญาณและสัตว์ต่างๆรอบตัวจากนั้นเวลาแห่งความมืดก็มาถึงความชั่วร้ายครั้งใหญ่ก็ถูกปลดปล่อยออกมาและเมฆมืดก็บดบังทวีปตะวันตกหมู่บ้านทั้งหมู่บ้านถูกทำลายทั้งครอบครัวหายไปอย่างลึกลับและการผจญภัยที่แปลกประหลาดและมหัศจรรย์ก็เริ่มต้นขึ้น "
เกมเริ่มต้นขึ้นเมื่อผู้พันแฟล็กกิลกิสเตอร์แห่งกองทัพจักรวรรดิลากูนแห่งตะวันออกพยายามปลุกความมืด Genie สัตว์ร้ายในตำนานผู้ซึ่งแฟล็กปรารถนาจะใช้เพื่อควบคุมโลก เมื่อเรียก Genie ธงสั่งให้เขาโจมตีทางตะวันตก อย่างไรก็ตามก่อนที่จะมีการโจมตี Simba ราชาแห่งนางฟ้าได้ร่ายเวทย์ป้องกันไปรอบ ๆ ดินแดนปิดผนึกอาคารสิ่งของและผู้คนที่อยู่ในลูกกลมวิเศษที่เรียกว่า "Atla" เนื่องจากพลังของการโจมตีของ Genie อย่างไรก็ตามลูกกลมจึงกระจัดกระจาย

ในขณะเดียวกัน Toan ซึ่งหมู่บ้านบ้านเกิดของ Norune ถูกทำลายแม้ว่าเขาจะรอดชีวิตจากการโจมตีโดยไม่ได้รับอันตราย แต่ก็ได้พบกับ Fairy King ซึ่งมอบหินวิเศษที่เรียกว่า "Atlamillia" ให้และมอบหมายงานให้เขาค้นหาสิ่งที่กระจัดกระจาย Atla และเปลี่ยนกลับเป็นร่างเดิม Toan ตั้งท่าจะเอาคืน Norune และในถ้ำใกล้ ๆ พบกับชายคนหนึ่งชื่อ Seda ผู้ซึ่งเอาชนะเขาในการดวลเมื่อ Toan พยายามปกป้องแมวที่อยู่ใกล้ ๆ เพื่อเป็นการตอบแทนความใจดีของเขา Seda ให้ Toan "ยาเปลี่ยนสี" ซึ่งเขาใช้เปลี่ยนแมวให้เป็น "catgirl" ชื่อ Xiao ซึ่งมาร่วมภารกิจกับเขา ในไม่ช้าโทอันและเซียวก็ได้พบกับดรานผู้พิทักษ์ของโนรูเนะผู้ซึ่งถูกครอบงำโดย Genie และผู้ที่โจมตีพวกเขา พวกเขาเอาชนะเขาปล่อยเขาจากการควบคุมของ Genie และเขาเล่าถึงตำนานของ "ปีศาจดำ" ที่เกือบทำลายโลกจนพ่ายแพ้และถูกคุมขังโดย Moon People เขาแนะนำให้พวกเขาออกตามหา Moon People โดยบอกให้พวกเขาไปเยี่ยมต้นไม้ที่มีความรู้สึกเรียกว่า Treant ในหมู่บ้าน Matataki ที่อยู่ใกล้ ๆ

ใน Matataki Toan และ Xiao ได้เข้าร่วมโดยเด็กชายในท้องถิ่นชื่อ Goro และทั้งสามคนก็เริ่มสร้างใหม่ หมู่บ้าน. แอนท์บอกพวกเขาว่าจะไปยัง Moon People ได้อย่างไรและพวกเขาก็เดินทางไปยัง Brownboo ซึ่งเป็นหมู่บ้านที่ไม่ได้รับผลกระทบจากการโจมตีของ Genie และบ้านของ Moon People ทูอันถามพวกเขาว่าพวกเขาสามารถผนึก Genie ได้อีกครั้งหรือไม่ แต่พวกเขาอธิบายว่าพวกเขาลืมวิธีใช้เวทมนตร์ อย่างไรก็ตาม Moon People ที่อาศัยอยู่บนดวงจันทร์ยังคงสามารถใช้เวทมนตร์ได้ดังนั้นพวกเขาจึงตัดสินใจที่จะมุ่งหน้าไปที่นั่นโดยใช้ Moon Ship ซึ่งสามารถเปิดใช้งานได้โดย Moon Orb อย่างไรก็ตามพวกเขาค้นพบว่า Orb หายไปโดยบังเอิญถูกแลกเปลี่ยนกับ Moon Fruits ชุดหนึ่ง

ปาร์ตี้เดินทางไปยังเมืองควีนส์ซึ่งถูกโจมตีโดย Genie ในขณะที่ค้นหา ซากเรือ สำหรับ Orb Toan พบตะเกียงที่ปล่อยรูบี้ที่เป็นมิตรซึ่งมาร่วมกับพวกเขา ในที่สุดพวกเขาก็พบ Moon Orb แต่ไม่สามารถเรียก Moon Ship ได้ ดังนั้นพวกเขาจึงมุ่งหน้าไปยังวัดดวงอาทิตย์และดวงจันทร์ใน Muska Lacka ซึ่งเป็นที่ตั้งของ Moon Ship ที่นั่นพวกเขาพบกับนักรบทรายชื่ออุงางะซึ่งเข้าร่วมกับพวกเขาและช่วยพวกเขาเปิดใช้งานเรือดวงจันทร์ พวกเขาเดินทางไปยังเมืองดวงจันทร์ของ Yellow Drops และพบกับ Osmond บุคคลแห่งดวงจันทร์ที่ขอความช่วยเหลือในการรวบรวมชิ้นส่วนของหุ่นยนต์ต่อสู้ขนาดยักษ์ที่กระจัดกระจายที่เรียกว่า Sun Giant ซึ่งคนดวงจันทร์เชื่อว่าสามารถทำลาย Genie ได้ เมื่อ Sun Giant เสร็จสิ้นปาร์ตี้และลูกเรือของ Moon People จะเดินทางไปที่ Dark Heaven Castle ซึ่งตอนนี้ Genie อาศัยอยู่

พวกเขาโจมตีและเอาชนะ Genie อย่างไรก็ตามพวกเขาได้เรียนรู้ว่าพวกเขาต่อสู้กับ เมาส์ ที่เปลี่ยนรูปแล้วซึ่งดูดซับพลังของ Genie ที่แท้จริง Dark Genie ที่แท้จริงได้ครอบครอง Flag และทำลาย Sun Giant อย่างไรก็ตามพลังของ Genie พิสูจน์ให้เห็นแล้วว่ายิ่งใหญ่เกินไปสำหรับร่างกายของ Flag และเขาก็ตายทิ้ง Genie ไว้โดยไม่มีเจ้าภาพ ทูอันและทีมงานได้รับการช่วยเหลือจากดรานและพรรคพวกไล่ตาม Genie เข้าไปในปราสาทซึ่งพวกเขาได้พบกับเซดาซึ่งบอกพวกเขาว่าเขาต้องรับผิดชอบต่อการดำรงอยู่ของ Genie เขาเผยว่าเขาเป็นราชาแห่งตะวันออกและกำลังแพ้สงครามกับตะวันตก เขาได้รับการติดต่อจากพ่อมดแห่งความมืด ผู้ซึ่งเสนอพลังให้เขาชนะสงคราม อย่างไรก็ตามหลังจากชนะแล้วพลังมืดยังคงอยู่ในร่างกายของเขาและหลังจากการสูญเสียที่น่าเศร้ามันก็ถูกปลดปล่อยออกมาในรูปแบบของ Genie Seda ได้เรียนรู้สิ่งเดียวที่แข็งแกร่งพอที่จะเอาชนะ Genie ได้คือ Atlamillia อย่างไรก็ตาม Atlamillia จะไม่มีอยู่อีก 400 ปีดังนั้นเขาจึงเปิดประตูสู่อนาคต เขาบอก Toan ว่าวิธีเดียวที่จะหยุด Genie ได้คือการป้องกันการเกิดของเขาในอดีตและเปิด Gallery of Time เพื่อให้ปาร์ตี้เดินทางย้อนกลับไปในอดีต ขณะที่ Genie พยายามครอบครอง Seda เซดาก็ฆ่าตัวตาย

ใน Gallery of Time ปาร์ตี้ได้เรียนรู้ว่าการสูญเสียที่น่าเศร้าที่ Seda ประสบคือการตายของโซเฟียคู่หมั้นของเขาด้วยน้ำมือของนักฆ่าที่พยายามจะ ฆ่าเขา งานเลี้ยงไม่สามารถป้องกันการตายของโซเฟียและการเกิดของ Genie ในภายหลังได้ อย่างไรก็ตามพวกเขาเผชิญกับร่างดั้งเดิมของ Genie และสามารถเอาชนะมันได้ จากนั้นทูอันก็ใช้พลังของแอตลามิลลาเพื่อชุบชีวิตโซเฟียรวมตัวกับเซดาในอดีตอีกครั้งและป้องกันการเกิดของเจนี่ เมื่อทำเช่นนั้นปาร์ตี้จะกลับสู่ช่วงเวลาของตัวเองและ Fairy King ก็แจ้งให้พวกเขาทราบว่า Genie หายไปแล้วในตอนนี้