Action
 หลังจากเลือกคำสั่ง NEW GAME หากมีข้อมูล Save ของ XenoSaga Episode I อยู่ จะได้ชุดว่ายน้ำของ Ziggy และ KOS-MOS สามารถใช้ คำสั่งสวมได้ทันทีเมื่อ Ziggy หรือ KOS-MOS เข้ากลุ่มต่อสู้

Event
 Canaan และ Chaos สำรวจดาว Miltia เนื่องจากเกิดการจลาจลของเหล่า Realian, เป้าหมายเพื่อเก็บข้อมูล Y Data และปกป้องกลุ่ม U.R.T.V ในช่วงนี้จะพบกับ Song of Nephilim และพบกับกัปตัน Jin Uzuki (พี่ชายของ Shion)

Action
 Save เกมส์ ใช้หุ่นทำลายสิ่งกีดขวางโดยการกด สี่เหลี่ยม, เปลี่ยนเป้าหมายในการทำลาย กด L1 หรือ R1 ระหว่างทางเก็บ Power Shield สวมให้กับ หุ่น E.S. Asher ด้วย
 ไอคอนแสดงศัตรูมี 3 รูปแบบ แทนด้วยตัวอักษร M, B และ G (M=พวกหุ่น, B=สิ่งมีชีวิต, G=Gnosis) การโจมตีใช้ปุ่ม สี่เหลี่ยม หรือ ปุ่มสามเหลี่ยม แสดงด้านล่างซ้าย ระวังศัตรูที่โจมตีจากด้านหลัง (ถูกโจมตีแน่นอน 100%) และค่า Critical จะเพิ่มเป็น 50%
 รูปแบบของ Boost คล้ายกับภาคแรก สามารถใช้ Boost ได้โดยการกด R1 ค้างไว้ เพื่อแสดงสถานะของตัวละคร ที่สามารถใช้ Boost ได้ หลังจากนั้นให้กดปุ่ม สี่เหลี่ยม หรือ สามเหลี่ยม หรือ วงกลม เพื่อกำหนดตัวละครที่ต้องการ Boost คือ การแย่งเทิร์นการโจมตีจากศัตรู
 การใช้คำสั่ง STOCK เป็นการเพิ่มค่าพลัง EC เมื่อค่า EC มากพอจะสามารถใช้ท่าพิเศษของหุ่นเพื่อเพิ่มพลังการโจมตีโดยใช้คำสั่ง SPECIAL ได้
 Event Slot เกิดในระหว่างการต่อสู้ตามลำดับ คือ CTC > BST > SKL > สุ่ม Event Slot > CTC ตามลำดับ ความหมาย คือ CTC เพิ่มค่าการโจมตีแบบ Critical 50%, BST เพิ่มค่าของ Boost Gauge และ SKL เพิ่มค่า Skill Point ที่ได้รับจากศัตรู สำหรับ Event Slot ที่ขึ้นแบบสุ่ม คือ ETR เพิ่มพลังการโจมตีด้วย Ether และ การเพิ่มค่าพลังต่างๆ 50%, TC เป้าหมายจะเสียเทิร์น การต่อสู้หากได้รับบาดเจ็บจากการโจมตี, RV ค่า Boost Gauge ของเป้าหมายจะเพิ่มขึ้นหากถูกโจมตี, ตัวละครที่อยู่ในการต่อสู้เท่านั้น ที่จะได้รับ Skill Point ไม่ต้องกังวลเกี่ยวกับไอคอน SKL ในระหว่างการต่อสู้
 ระหว่างที่บังคับหุ่นให้ใช้ Nano Repair A ในการเพิ่ม HP ของหุ่น และเมื่อเก็บ Auxiliary Armor A ได้แล้วอย่าลืมสวมให้หุ่นด้วย
 หลังจากที่พบกับ Uzuki หากพบการต่อสู้ ตัวละครที่เข้าร่วมการต่อสู้ จะมีเฉพาะ Chaos และ Uzuki เท่านั้น การต่อสู้ในช่วงนี้ต้องเก็บไอเท็มที่อยู่รอบๆ บริเวณโดยการทำลายวัตถุต่างๆ โดยรอบให้หมดBasic Attacks การโจมตีใช้การกดปุ่ม สี่เหลี่ยม, สามเหลี่ยม และ วงกลม ในระหว่างการโจมตีให้สังเกต Zone คือ ตัวอักษรภาษาอังกฤษ ด้านซ้ายของจอภาพ Zone แบ่งเป็น A (ระยะมากกว่า 3 ม.) ใช้ปุ่มวงกลม, B (1 ม. - 3 ม.) ใช้ปุ่มสี่เหลี่ยม และ วงกลม, C (น้อยกว่า 1 ม.) ใช้ปุ่ม สามเหลี่ยม และ วงกลม, ตัวละครบางตัวไม่สามารถโจมตีโซน A ได้ ศัตรูแต่ละตัวจะมีจุดอ่อนตามโซนที่แตกต่างกัน หากตัวอักษรที่แสดงโซนเป็นสีแดง นั่นหมายถึงจุดอ่อนของศัตรู ระวังศัตรูบางชนิด ไม่มีจุดอ่อนของโซนBreak การโจมตีโซนที่เป็นจุดอ่อนของศัตรู อย่างต่อเนื่อง จะสามารถใช้ Break การป้องกันของศัตรูได้ ศัตรูสามารถฟื้นตัว จากการ Break ได้ภายใน 1 รอบการโจมตี แต่ถ้าหากใช้ Boost ในระหว่างรอบ จะสามารถจัดการกับสถานะ Break ในรอบถัดไปได้Air and Down ใช้ปุ่มวงกลมในขณะที่ศัตรูอยู่ในสถานะ Break บนอากาศ (Air) หรือ ที่พื้น (Down) ควรใช้ Boost ช่วย การโจมตีสังเกตไอคอนลูกศรชี้ขึ้น (Air) และ ชี้ลง (Down) ทางด้านซ้ายของจอภาพและ Down (2 เท่า)Damage Values ค่าการโจมตีที่เพิ่มขึ้น Break (1.5 เท่า), Air (2 เท่า) ในการต่อสู้ควรเรียนรู้การใช้ Zone, Break, Air และ Down เพื่อช่วยให้การต่อสู้ง่ายยิ่งขึ้นSTOCK สามารถใช้ Stock สำหรับการโจมตีปกติ ให้เป็นการโจมตีแบบพิเศษ เมื่อค่า Stock (แถบ ST ด้านบน) ขึ้นถึง 3 ขีด สามารถใช้การโจมตีโดยการกดปุ่ม สี่เหลี่ยม, สามเหลี่ยม, วงกลม, วงกลม, วงกลม ตามลำดับ สำหรับการใช้ Stock จะช่วยให้การโจมตี ได้อย่างต่อเนื่อง สามารถใช้สถานะ Air หรือ Down จากการ Break ศัตรู โดยไม่ต้องใช้ Boost ช่วยDOUBLE เป็นการใช้ท่าโจมตีพิเศษ ร่วมกับตัวละครอีกตัวที่อยู่ในการต่อสู้ การใช้ Double Attack ตัวละครทั้งคู่ต้องสะสมค่า ST (Stock) ให้เต็ม และสามารถใช้ Double Attack ได้เพียงครั้งเดียวในการต่อสู้
 ในระหว่างการสำรวจตามเส้นทางจะพบกับ Segment Address No. 14 ด้วย
 ในระหว่างที่ Uzuki มอบข้อมูลให้กับ Canaan ช่วงนี้จะได้พบกับ Margulis (HP 1000) เอาชนะเขาให้ได้

Event
 ช่วงหลังของการต่อสู้ระหว่าง Uzuki และ Margulis