เกมนี้มีฉากบนทวีป Fódlan แบ่งออกเป็น 3 อาณาจักร ได้แก่ จักรวรรดิ Adrestia อาณาจักรศักดิ์สิทธิ์ Faerghus และ Leicester Alliance เนื้อเรื่องติดตาม Byleth ทหารรับจ้างที่กลายเป็นอาจารย์ที่ Garreg Mach Monastery โรงเรียนนายร้อยที่มีชื่อเสียง ฝึกนักเรียนจากทั้งสามอาณาจักร ผู้เล่นเลือกหนึ่งในสามบ้านเพื่อสอน: Black Eagles, Blue Lions หรือ Golden Deer แต่ละบ้านมีตัวละคร เรื่องราว และมุมมองที่เป็นเอกลักษณ์ของตัวเอง รูปแบบการเล่นของ Fire Emblem: Three Houses เป็นการผสมผสานระหว่างกลยุทธ์แบบเทิร์นเบสและการจำลองสังคม ในช่วงแรกของเกม ผู้เล่นจะสำรวจ Garreg Mach Monastery พูดคุยกับนักเรียนและเจ้าหน้าที่ และสอนทักษะต่างๆ ให้กับพวกเขา เกมนี้คล้ายกับเกมจำลองชีวิต ส่วนที่สองของเกมประกอบไปด้วยการต่อสู้แบบเทิร์นเบสบนแผนที่แบบตาราง ในการต่อสู้เหล่านี้ ผู้เล่นจะควบคุมทีมนักเรียนและใช้ทักษะและความสามารถพิเศษของพวกเขาเพื่อเอาชนะศัตรู