ณ เวลาในปี 21xx มนุษย์ในโลกได้อยู่ร่วมกับหุ่นยนต์และมีมนุษย์กึ่งหุ่นยนต์เรียกว่าเรพริรอยด์  แต่ว่าได้เกิดการก่อการร้ายภายใต้ของซิกม่าอดีตอิเรกูลาร์ฮันเตอร์ได้นำกลุ่มอิเรกูลาร์ มาทำลายโลก ในขณะเดียวกันได้มีอิเรกูลาร์ฮันเตอร์ที่มีชื่อว่า เอ็กซ์ ได้ต่อกรกับอีเรกูลาร์เพื่อที่จะปกป้องโลกและเรพริรอยด์ไปด้วย