Bahamut Lagoon เกิดขึ้นในโลกที่เรียกว่า Orelus ประกอบด้วยเกาะลอยน้ำที่เรียกว่าลากูนส์และเป็นที่อยู่ของมังกร ทะเลสาบใหญ่ๆ ถูกมังกรศักดิ์สิทธิ์เฝ้าดูแล บาฮามุทคือมังกรที่คอยดูแลอาณาจักรคาห์นา อย่างไรก็ตาม เมื่อ Kahna ถูกยึดครองโดย Granbelos Empire บาฮามุทไม่ได้ปกป้องมัน และด้วยเหตุนี้ เจ้าหญิงจึงถูกจับและความโศกเศร้าปกคลุมท้องฟ้าของ Orelus ตัวเอกนำ บยู และหน่วยมังกรของเขาตั้งแนวต่อต้าน เป้าหมายของพวกเขาคือการปลดปล่อยเจ้าหญิงแห่งคาห์นาที่ถูกลักพาตัวไปและขจัดความโศกเศร้าจากฟากฟ้า หลังจากกู้คืนมังกรที่หายไปได้ พวกเขาก็ออกเดินทางเพื่อนำเรือธงของ Kahna ซึ่งพวกเขาตั้งชื่อว่าฟาห์นไฮต์กลับคืนมา